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revision 1.12, Mon Dec 5 18:56:37 2005 UTC revision 1.13, Mon May 29 00:04:13 2006 UTC
# Line 157  Line 157 
157      my($contigID,$cdsP,$prefix,$idNp,$contigs,$fh_tbl,$fh_fasta,$fh_ass) = @_;      my($contigID,$cdsP,$prefix,$idNp,$contigs,$fh_tbl,$fh_fasta,$fh_ass) = @_;
158      my($loc,@aliases,$func,$trans,$id,$precise,$dna,$prot);      my($loc,@aliases,$func,$trans,$id,$precise,$dna,$prot);
159    
160        ++$recnum;
161      ($loc,$precise)  = &get_loc($contigID,$cdsP);      ($loc,$precise)  = &get_loc($contigID,$cdsP);
162      @aliases = &get_aliases($cdsP);      @aliases = &get_aliases($cdsP);
163      $func    = &get_func($cdsP);      $func    = &get_func($cdsP);
# Line 379  Line 380 
380      my($cdsP) = @_;      my($cdsP) = @_;
381      my $func = "";      my $func = "";
382    
383      ++$recnum;      print STDERR "\nRecord $recnum:\n$$cdsP\n" if $ENV{VERBOSE};
384  #   print STDERR "\nRecord $recnum:\n$$cdsP\n";      if (($$cdsP =~ /\/function=\"([^"]*)\"/s) && ($func = $1) && &ok_func($func))
     if (($$cdsP =~ /\/function=\"([^"]*)\"/s) && &ok_func($1))  
385      {      {
386          $func = $1;          print STDERR "Branch 1: $func\n" if $ENV{VERBOSE};
 #       print STDERR "Branch 1:\n$func -->\n";  
387      }      }
388      elsif (($$cdsP =~ /\/product=\"([^"]*)\"/s) && &ok_func($1) &&      elsif (($$cdsP =~ /\/product=\"([^"]*)\"/s) && ($func = $1) && &ok_func($func)
389              (($1 =~ / /) || ($$cdsP !~ /\/note/)))            && (($func =~ / /) || ($$cdsP !~ /\/note/)))
390      {      {
391          $func = $1;          print STDERR "Branch 2: $func\n" if $ENV{VERBOSE};
 #        print STDERR "Branch 2:\n$func -->\n";  
392      }      }
393      elsif (($$cdsP =~ /\/note=\"([^"]*)\"/s) && &ok_func($1))      elsif (($$cdsP =~ /\/note=\"([^"]*)\"/s) && ($func = $1) && &ok_func($func))
394      {      {
395          $func = $1;          print STDERR "Branch 3: $func\n" if $ENV{VERBOSE};
 #       print STDERR "Branch 3:\n$func -->\n";  
396      }      }
397      else      else
398      {      {
399  #       print STDERR "No non-hypo found\n";          print STDERR "No non-hypo found\n" if $ENV{VERBOSE};
400      }      }
401      $func =~ s/\s+/ /gs;      $func =~ s/\s+/ /gs;
402  #   print STDERR "--> $func\n";      print STDERR     "      --> $func\n" if $ENV{VERBOSE};
403    
404      $func = &fixup_func($func);      $func = &fixup_func($func);
405  #   print STDERR "Returning func = $func\n\n";      print STDERR     "Retval:   $func\n\n" if $ENV{VERBOSE};
406    
407      return $func;      return $func;
408  }  }

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.13

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