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1 : overbeek 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     $usage = "usage: new_versions_of_features Genome";
5 :    
6 :     (
7 :     ($genome = shift @ARGV)
8 :     )
9 :     || die $usage;
10 :    
11 :     open(TBL,"<$FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/tbl")
12 :     || die "could not open $FIG_Config::organisms/$genome/Features/peg/tbl";
13 :     while (defined($_ = <TBL>))
14 :     {
15 :     if ($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)_(\S+)_(\S+)\b/)
16 :     {
17 :     push(@{$stops{"$2\t$4"}},$1);
18 :     }
19 :     }
20 :     close(TBL);
21 :    
22 :     foreach $_ (keys(%stops))
23 :     {
24 :     $x = $stops{$_};
25 :     if (@$x > 1)
26 :     {
27 :     @pegs = sort { &FIG::by_fig_id($a,$b) } @$x;
28 :     for ($i=0; ($i < $#pegs); $i++)
29 :     {
30 :     push(@corr,[$pegs[$i],$pegs[$#pegs]]);
31 :     }
32 :     }
33 :     }
34 :    
35 :     foreach $x (sort { &FIG::by_fig_id($a->[0],$b->[0]) } @corr)
36 :     {
37 :     print join("\t",@$x),"\n";
38 :     }

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