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Annotation of /FigKernelScripts/make_sim_tab.pl

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Revision 1.8 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.6 #
2 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4 :     #
5 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
6 :     #
7 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9 :     # Public License.
10 :     #
11 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
13 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16 :     #
17 :    
18 : overbeek 1.1
19 :     use FIG;
20 : olson 1.5 use strict;
21 : overbeek 1.1
22 : olson 1.5 my $fig = new FIG;
23 :    
24 : overbeek 1.7 my $usage = "usage: make_sim_tab [-no-map] SimTab [SimFile1 SimFile2 ...]";
25 : olson 1.5
26 :     my($simD, %figs_of);
27 : overbeek 1.2
28 : overbeek 1.7 my $map_pegs = 1;
29 :     if ($ARGV[0] eq '-no-map' or $ARGV[0] eq '-nomap')
30 :     {
31 :     shift @ARGV;
32 :     $map_pegs = 0;
33 :     }
34 :    
35 : overbeek 1.2 ($simD = shift @ARGV)
36 :     || die $usage;
37 :    
38 : overbeek 1.4 if (-d $simD)
39 :     {
40 :     if (@ARGV == 0)
41 :     {
42 :     die "$simD already exists";
43 :     }
44 :     }
45 :     else
46 :     {
47 :     mkdir($simD,0777) || die "could not make $simD";
48 :     }
49 : overbeek 1.2
50 : overbeek 1.1 open(SYNS,"<$FIG_Config::data/Global/peg.synonyms") || die "aborted";
51 :     while (defined($_ = <SYNS>))
52 :     {
53 :     if ($_ =~ /^([^,]+),\d+\t(\S+)/)
54 :     {
55 : olson 1.5 my $to = $1;
56 :     my $from = $2;
57 :     my @from = map { $_ =~ /^([^,]+)/; $1 } split(/;/,$from);
58 :     my @fig = grep { $_ =~ /^fig\|/ } (@from,$to);
59 : overbeek 1.1 if (@fig > 0)
60 :     {
61 :     $figs_of{$to} = [@fig];
62 :     }
63 :     }
64 :     }
65 :     print STDERR "loaded synonyms\n";
66 :    
67 : olson 1.5 my @files;
68 :    
69 : overbeek 1.4 if (@ARGV == 0)
70 :     {
71 :     opendir(SIMS,"$FIG_Config::data/Sims") || die "aborted";
72 :     @files = map { "$FIG_Config::data/Sims/$_" } sort grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SIMS);
73 :     closedir(SIMS);
74 :     }
75 :     else
76 :     {
77 :     @files = @ARGV;
78 :     }
79 : overbeek 1.1
80 : olson 1.5 foreach my $file (@files)
81 : overbeek 1.1 {
82 :     print STDERR "processing $file\n";
83 : overbeek 1.4 open(IN,"cut -f1,2,3,11 $file |") || die "bad: $file";
84 :    
85 :     my $last_part;
86 :     $file =~ /([^\/]+)$/;
87 : olson 1.5 my $last_part = $1;
88 : overbeek 1.4
89 :     if (-s "$simD/$last_part")
90 :     {
91 :     die "$simD/$last_part already exists";
92 :     }
93 :     open(OUT,">$simD/$last_part") || die "bad: $simD/$last_part";
94 :    
95 : olson 1.5 my $sim = <IN>;
96 : overbeek 1.1 while ($sim && ($sim =~ /^(\S+)/))
97 :     {
98 : olson 1.5 my $curr = $1;
99 :     my %sims;
100 :     my $last;
101 : overbeek 1.1 while ($sim && ($sim =~ /^(\S+)/) && ($curr eq $1))
102 :     {
103 :     if (($sim =~ /^((\S+)\t(\S+))\t(\S+\t(\S+))/) &&
104 :     ((! $last) || ($last ne $1)) &&
105 : overbeek 1.3 ($5 <= 1.0e-20))
106 : overbeek 1.1 {
107 : olson 1.5 #
108 :     # $1 is id1\tid2
109 :     # $2 is id1
110 :     # $3 is id2
111 :     # $4 is pct-ident\tscore
112 :     # $5 is score
113 :     #
114 :    
115 :     my $to1 = $figs_of{$2};
116 :     my $to2 = $figs_of{$3};
117 :    
118 :     $last = $1;
119 :     my($id1, $id2, $extra) = ($2, $3, $4);
120 :    
121 :     #
122 :     # Perform lookup into peg.synonyms to determine fig ids for id1 and id2.
123 :     #
124 : overbeek 1.3 if ((! $to1) && ($id1 =~ /^fig\|/)) { $to1 = [$id1] }
125 :     if ((! $to2) && ($id2 =~ /^fig\|/)) { $to2 = [$id2] }
126 :     if ($to1 && $to2)
127 : overbeek 1.1 {
128 : olson 1.5 #
129 :     # Expand the mapped pegs.
130 :     #
131 :     foreach my $peg1 (@$to1)
132 : overbeek 1.1 {
133 : overbeek 1.7 my($g1, $p1);
134 :     ($g1, $p1) = $fig->map_peg_to_ids($peg1) if $map_pegs;
135 : olson 1.8
136 :     #
137 :     # Find contig / location info
138 :     #
139 :    
140 :     my $loc1 = $fig->feature_location($peg1);
141 :     my($contig1, $beg1, $end1) = $loc1 =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/;
142 :     ($beg1, $end1) = ($end1, $beg1) if $end1 < $beg1;
143 :    
144 : olson 1.5 foreach my $peg2 (@$to2)
145 : overbeek 1.3 {
146 : olson 1.8 my $loc2 = $fig->feature_location($peg2);
147 :     my($contig2, $beg2, $end2) = $loc2 =~ /(.*)_(\d+)_(\d+)$/;
148 :     ($beg2, $end2) = ($end2, $beg2) if $end2 < $beg2;
149 :     my @locinfo = ($contig1, $beg1, $end1, $contig2, $beg2, $end2);
150 : overbeek 1.7 if ($map_pegs)
151 :     {
152 :     my ($g2, $p2) = $fig->map_peg_to_ids($peg2);
153 :    
154 : olson 1.8 push(@{$sims{"$g1\t$p1\t$g2"}},[$g1, $p1, $g2, $p2, @locinfo, $extra]);
155 : overbeek 1.7 }
156 :     else
157 :     {
158 :     my $genome = &FIG::genome_of($peg2);
159 : olson 1.8 push(@{$sims{"$peg1\t$genome"}},[$peg1, $peg2, @locinfo, $extra]);
160 : overbeek 1.7 }
161 : overbeek 1.3 }
162 : overbeek 1.1 }
163 :     }
164 :     }
165 :     $sim = <IN>;
166 :     }
167 : olson 1.5
168 : overbeek 1.1
169 : olson 1.5 my($x, $y, $n, $z);
170 : overbeek 1.1 foreach $x (keys(%sims))
171 :     {
172 :     $y = $sims{$x};
173 :     $n = @$y;
174 :     foreach $z (@$y)
175 :     {
176 :     print OUT join("\t",(@$z,$n)),"\n";
177 :     }
178 :     }
179 :     }
180 :     close(IN);
181 :     close(OUT);
182 :     }
183 :    

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