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1 : overbeek 1.1
2 :     $usage = "usage: make_fam_tabs Sources Synonyms Dir";
3 :    
4 :     (
5 :     ($sources = shift @ARGV) &&
6 :     ($syn = shift @ARGV) &&
7 :     ($dir = shift @ARGV)
8 :     )
9 :     || die $usage;
10 :    
11 :     open(TAB1,">$dir/localid_cid") || die "could not open $dir/localid_cid";
12 :     open(TAB2,">$dir/localfam_cid") || die "could not open $dir/localfam_cid";
13 :     open(TAB3,">$dir/localfam_function") || die "could not open $dir/localfam_function";
14 :    
15 :     opendir(SOURCES,$sources) || die "could not open $sources";
16 :     @specific = grep { $_ !~ /^\./ } readdir(SOURCES);
17 :     closedir(SOURCES);
18 :    
19 :     open(SYN,"<$syn") || die "could not open $syn";
20 :     $cid = 1;
21 :     while (defined($_ = <SYN>))
22 :     {
23 :     chop;
24 :     @prots = split(/\t/,$_);
25 :     foreach $prot (@prots)
26 :     {
27 :     print TAB1 "$prot\t$cid\n";
28 :     $to_cid{$prot} = $cid;
29 :     }
30 :     $cid++;
31 :     }
32 :     close(TAB1);
33 :    
34 :    
35 :     foreach $source (@specific)
36 :     {
37 :     open(IDMAP,"<$sources/$source/id.map") || die "could not open $sources/$source/id.map";
38 :     while (defined($_ = <IDMAP>))
39 :     {
40 :     chop;
41 :     ($fam,$lid) = split(/\t/,$_);
42 :     if ($cid = $to_cid{$lid})
43 :     {
44 :     print TAB2 "$fam\t$cid\n";
45 :     }
46 :     else
47 :     {
48 :     print STDERR "could not handle $_\n";
49 :     }
50 :     }
51 :     close(IDMAP);
52 :    
53 :     if (open(FAMFUNC,"<$sources/$source/family.funcs"))
54 :     {
55 :     while (defined($_ = <FAMFUNC>))
56 :     {
57 :     print TAB3 $_;
58 :     }
59 :     close(FAMFUNC);
60 :     }
61 :     }
62 :    
63 :     close(TAB1);
64 :     close(TAB2);
65 :     close(TAB3);

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