[Bio] / FigKernelScripts / make_close.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/make_close.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Mon Dec 5 18:56:37 2005 UTC revision 1.5, Thu Feb 16 22:03:22 2006 UTC
# Line 22  Line 22 
22  my $fig = new FIG;  my $fig = new FIG;
23  $dist = 5000;  $dist = 5000;
24    
25    my $map_pegs = 1;
26    if ($ARGV[0] eq '-no-map')
27    {
28        shift @ARGV;
29        $map_pegs = 0;
30    }
31    
32  my @genomes = (@ARGV > 0) ? @ARGV : $fig->genomes;  my @genomes = (@ARGV > 0) ? @ARGV : $fig->genomes;
33    
34  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
# Line 31  Line 38 
38      {      {
39          foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))          foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))
40          {          {
41              my($peg_gnum, $peg_pnum) = $fig->map_peg_to_ids($peg);              my($peg_gnum, $peg_pnum);
42                if ($map_pegs)
43                {
44                    ($peg_gnum, $peg_pnum) = $fig->map_peg_to_ids($peg);
45                }
46    
47              my $loc = $fig->feature_location($peg);              my $loc = $fig->feature_location($peg);
48              if ($loc)              if ($loc)
49              {              {
# Line 47  Line 59 
59    
60                          if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))                          if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))
61                          {                          {
62                                if ($map_pegs)
63                                {
64                              my($fgnum, $fpnum) = $fig->map_peg_to_ids($fid);                              my($fgnum, $fpnum) = $fig->map_peg_to_ids($fid);
65                              print "$peg_gnum\t$peg_pnum\t$fgnum\t$fpnum\n";                              print "$peg_gnum\t$peg_pnum\t$fgnum\t$fpnum\n";
66                          }                          }
67                                else
68                                {
69                                    print "$peg\t$fid\n";
70                                }
71                            }
72                      }                      }
73                  }                  }
74              }              }

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.5

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3