[Bio] / FigKernelScripts / make_close.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/make_close.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Mon Jun 20 19:04:32 2005 UTC revision 1.3, Tue Jun 21 15:21:26 2005 UTC
# Line 14  Line 14 
14      {      {
15          foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))          foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))
16          {          {
17                my($peg_gnum, $peg_pnum) = $fig->map_peg_to_ids($peg);
18              my $loc = $fig->feature_location($peg);              my $loc = $fig->feature_location($peg);
19              if ($loc)              if ($loc)
20              {              {
# Line 26  Line 27 
27                      ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);                      ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
28                      foreach $fid (@$feat)                      foreach $fid (@$feat)
29                      {                      {
30    
31                          if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))                          if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))
32                          {                          {
33                              print "$peg\t$fid\n";                              my($fgnum, $fpnum) = $fig->map_peg_to_ids($fid);
34                                print "$peg_gnum\t$peg_pnum\t$fgnum\t$fpnum\n";
35                          }                          }
36                      }                      }
37                  }                  }

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3