[Bio] / FigKernelScripts / make_close.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/make_close.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Sat May 7 20:57:47 2005 UTC revision 1.7, Fri Jul 14 22:21:16 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1    #
2    # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
3    # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
4    #
5    # This file is part of the SEED Toolkit.
6    #
7    # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
8    # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
9    # Public License.
10    #
11    # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
12    # along with this program; if not write to the University of Chicago
13    # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
14    # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
15    # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
16    #
17    
18    
19    # usage: make_close [G1 G2 G3 ...]
20    
21  use FIG;  use FIG;
22  my $fig = new FIG;  my $fig = new FIG;
23  $dist = 5000;  $dist = 5000;
24    
25  foreach $genome ($fig->genomes)  my $map_pegs = 1;
26    if ($ARGV[0] eq '-no-map' or $ARGV[0] eq '-nomap')
27    {
28        shift @ARGV;
29        $map_pegs = 0;
30    }
31    
32    my @genomes = (@ARGV > 0) ? @ARGV : $fig->genomes;
33    
34    foreach $genome (@genomes)
35  {  {
36      print STDERR "processing $genome\n";      print STDERR "processing $genome\n";
37      if ($fig->is_prokaryotic($genome))      if ($fig->is_prokaryotic($genome))
38      {      {
39          foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))          foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))
40          {          {
41                my($peg_gnum, $peg_pnum);
42                if ($map_pegs)
43                {
44                    ($peg_gnum, $peg_pnum) = $fig->map_peg_to_ids($peg);
45                }
46    
47              my $loc = $fig->feature_location($peg);              my $loc = $fig->feature_location($peg);
48              if ($loc)              if ($loc)
49              {              {
50                  my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);                  my($contig,$beg,$end) = $fig->boundaries_of($loc);
51                  if ($contig && $beg && $end)                  if ($contig && $beg && $end)
52                  {                  {
53                      my $min = &FIG::min($beg,$end) - $dist;                      my $min = &FIG::min($beg,$end) - $dist;
# Line 22  Line 56 
56                      ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);                      ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
57                      foreach $fid (@$feat)                      foreach $fid (@$feat)
58                      {                      {
59    
60                          if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))                          if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))
61                          {                          {
62                                if ($map_pegs)
63                                {
64                                    my($fgnum, $fpnum) = $fig->map_peg_to_ids($fid);
65                                    print "$peg_gnum\t$peg_pnum\t$fgnum\t$fpnum\n";
66                                }
67                                else
68                                {
69                              print "$peg\t$fid\n";                              print "$peg\t$fid\n";
70                          }                          }
71                      }                      }
# Line 32  Line 74 
74          }          }
75      }      }
76  }  }
77    }
78    

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3