[Bio] / FigKernelScripts / make_close.pl Repository:
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1 : overbeek 1.1
2 : overbeek 1.2 # usage: make_close [G1 G2 G3 ...]
3 :    
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 :     my $fig = new FIG;
6 :     $dist = 5000;
7 :    
8 : overbeek 1.2 my @genomes = (@ARGV > 0) ? @ARGV : $fig->genomes;
9 :    
10 :     foreach $genome (@genomes)
11 : overbeek 1.1 {
12 :     print STDERR "processing $genome\n";
13 :     if ($fig->is_prokaryotic($genome))
14 :     {
15 :     foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))
16 :     {
17 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
18 :     if ($loc)
19 :     {
20 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
21 :     if ($contig && $beg && $end)
22 :     {
23 :     my $min = &FIG::min($beg,$end) - $dist;
24 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $dist;
25 :     my $feat;
26 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
27 :     foreach $fid (@$feat)
28 :     {
29 :     if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))
30 :     {
31 :     print "$peg\t$fid\n";
32 :     }
33 :     }
34 :     }
35 :     }
36 :     }
37 :     }
38 :     }
39 :    

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