[Bio] / FigKernelScripts / make_close.pl Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /FigKernelScripts/make_close.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1
2 :     use FIG;
3 :     my $fig = new FIG;
4 :     $dist = 5000;
5 :    
6 :     foreach $genome ($fig->genomes)
7 :     {
8 :     print STDERR "processing $genome\n";
9 :     if ($fig->is_prokaryotic($genome))
10 :     {
11 :     foreach $peg ($fig->all_features($genome,"peg"))
12 :     {
13 :     my $loc = $fig->feature_location($peg);
14 :     if ($loc)
15 :     {
16 :     my($contig,$beg,$end) = &FIG::boundaries_of($loc);
17 :     if ($contig && $beg && $end)
18 :     {
19 :     my $min = &FIG::min($beg,$end) - $dist;
20 :     my $max = &FIG::max($beg,$end) + $dist;
21 :     my $feat;
22 :     ($feat,undef,undef) = $fig->genes_in_region($genome,$contig,$min,$max);
23 :     foreach $fid (@$feat)
24 :     {
25 :     if (($fid ne $peg) && (&FIG::ftype($fid) eq "peg"))
26 :     {
27 :     print "$peg\t$fid\n";
28 :     }
29 :     }
30 :     }
31 :     }
32 :     }
33 :     }
34 :     }
35 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3