[Bio] / FigKernelScripts / make_calls.pl Repository:
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Diff of /FigKernelScripts/make_calls.pl

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revision 1.1, Mon Dec 1 20:46:40 2003 UTC revision 1.2, Thu Aug 12 18:24:14 2004 UTC
# Line 1  Line 1 
1    # -*- perl -*-
2    
3  use FIG;  use FIG;
4    
5    # usage:  make_calls < auto_assign.out > assignments
6    
7    if (@ARGV && ($ARGV[0] =~ m/^-no_hypos/)) { $no_hypos = 1; }
8    
9  $/ = "\n\n";  $/ = "\n\n";
10  while (defined($_ = <STDIN>))  while (defined($_ = <STDIN>))
11  {  {
# Line 13  Line 19 
19              if ((! $hypo1) &&              if ((! $hypo1) &&
20                  ((@calls < 2) || ($calls[0]->[0] > $calls[1]->[0])))                  ((@calls < 2) || ($calls[0]->[0] > $calls[1]->[0])))
21              {              {
22                  print "$id\t$calls[0]->[1]\n";                  print "$id\t$calls[0]->[1]\n" unless ($hypo1 && $no_hypos);
23              }              }
24              elsif ($hypo1 &&              elsif ($hypo1 &&
25                     (@calls > 1) && (! &FIG::hypo($calls[1]->[1])) &&                     (@calls > 1) && (! &FIG::hypo($calls[1]->[1])) &&
26                     ((@calls == 2) || ($calls[1]->[0] > (1.1 * $calls[2]->[0]))))                     ((@calls == 2) || ($calls[1]->[0] > (1.1 * $calls[2]->[0]))))
27              {              {
28                  print "$id\t$calls[1]->[1]\tW\n";                  print "$id\t$calls[1]->[1]\tW\n" unless ($hypo1 && $no_hypos);
29              }              }
30              elsif ($calls[0]->[1] =~ /hypothetical/)              elsif ($calls[0]->[1] =~ /hypothetical/)
31              {              {
32                  print "$id\t$calls[0]->[1]\n";                  print "$id\t$calls[0]->[1]\n" unless ($no_hypos);
33              }              }
34              else              else
35              {              {
36                  print "$id\thypothetical protein\n";                  print "$id\thypothetical protein\n" unless ($no_hypos);
37              }              }
38          }          }
39      }      }

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

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