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1 : efrank 1.1 use FIG;
2 :    
3 :     $/ = "\n\n";
4 :     while (defined($_ = <STDIN>))
5 :     {
6 :     if ($_ =~ /(\S+)[^\n]*\n((\s+[0-9\.]+\s+\S[^\n]+\n)+)/s)
7 :     {
8 :     $id = $1;
9 :     @calls = map { $_ =~ /^\s+([0-9\.]+)\s+(\S.*\S)/; ($1 && $2) ? [$1,$2] : () } split(/\n/,$2);
10 :     if (@calls > 0)
11 :     {
12 :     $hypo1 = &FIG::hypo($calls[0]->[1]);
13 :     if ((! $hypo1) &&
14 :     ((@calls < 2) || ($calls[0]->[0] > $calls[1]->[0])))
15 :     {
16 :     print "$id\t$calls[0]->[1]\n";
17 :     }
18 :     elsif ($hypo1 &&
19 :     (@calls > 1) && (! &FIG::hypo($calls[1]->[1])) &&
20 :     ((@calls == 2) || ($calls[1]->[0] > (1.1 * $calls[2]->[0]))))
21 :     {
22 :     print "$id\t$calls[1]->[1]\tW\n";
23 :     }
24 :     elsif ($calls[0]->[1] =~ /hypothetical/)
25 :     {
26 :     print "$id\t$calls[0]->[1]\n";
27 :     }
28 :     else
29 :     {
30 :     print "$id\thypothetical protein\n";
31 :     }
32 :     }
33 :     }
34 :     }

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