[Bio] / FigKernelScripts / load_go.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_go.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Wed Nov 29 20:32:09 2006 UTC revision 1.2, Thu Nov 30 23:04:16 2006 UTC
# Line 28  Line 28 
28    
29  use Tracer;  use Tracer;
30    
31  &load_go;  my $dbf = $fig->db_handle;
32    
33  undef $fig;  $dbf->drop_table( tbl => "go_terms" );
34    $dbf->create_table( tbl  => "go_terms",
35                        flds => "go_id char(10), go_desc varchar(200), go_type char(1), obsolete char(3)"
36                );
37    
38  sub load_go {  my $temp_dir = $FIG_Config::temp;
39    
40      Open(\*TMPIN, "<$FIG_Config::data/Global/GO_number_to_term.txt");  open(TMP,">$temp_dir/go.$$") || die "could not open temporary file";
41      Open(\*GOMAP,">$FIG_Config::temp/go.table");  if (open(GO,"<$FIG_Config::data/Ontologies/GO/GO.terms_ids_obs"))
42    {
43      while (defined($_ = <TMPIN>))      while (defined($_ = <GO>))
44      {      {
45          print GOMAP "$_";          if ($_ =~ /^GO:\d{7}\t/)
46            {
47                print TMP $_;
48      }      }
49        }
50        close(GO);
51    }
52    close(TMP);
53    
54      close(TMPIN);  $dbf->load_table( tbl => "go_terms",
55      close(GOMAP);                    file => "$temp_dir/go.$$" );
   
     $fig->reload_table('all', "go_number_to_term",  
                                            "id varchar(100), term varchar(100)",  
                                            { index_go_number_to_term_id => "id", index_go_number_to_term_term => "term" },  
                                            "$FIG_Config::temp/go.table");  
     unlink("$FIG_Config::temp/go.table");  
56    
57  }  unlink("$temp_dir/go.$$");
58    
59    $dbf->create_index( idx  => "go_id_ix",
60                        tbl  => "go_terms",
61                        type => "btree",
62                        flds => "go_id" );
63    $dbf->vacuum_it("go_terms");
64    
65    $dbf->drop_table( tbl => "fr2go" );
66    $dbf->create_table( tbl  => "fr2go",
67                        flds => "role varchar(200), go_id char(10)"
68                );
69    $dbf->load_table( tbl => "fr2go",
70                      file => "$FIG_Config::data/Ontologies/GO/fr2go" );
71    $dbf->create_index( idx  => "fr2go_fr_ix",
72                        tbl  => "fr2go",
73                        type => "btree",
74                        flds => "role" );
75    $dbf->create_index( idx  => "fr2go_go_ix",
76                        tbl  => "fr2go",
77                        type => "btree",
78                        flds => "go_id" );
79    $dbf->vacuum_it("fr2go");

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3