[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.7, Wed Dec 31 23:47:18 2003 UTC revision 1.8, Fri Mar 5 22:17:16 2004 UTC
# Line 15  Line 15 
15  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]
16    
17  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";
18    open(ALIAS,">$temp_dir/tmpalias$$") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$";
19    
20  my $dbf = $fig->{_dbf};  my $dbf = $fig->{_dbf};
21    
# Line 24  Line 25 
25  if (@ARGV == 0)  if (@ARGV == 0)
26  {  {
27      $dbf->drop_table( tbl => "features" );      $dbf->drop_table( tbl => "features" );
28        $dbf->drop_table( tbl => "ext_alias" );
29    
30        $dbf->create_table( tbl => 'ext_alias',
31                            flds => "id varchar(32), alias varchar(32), genome varchar(16)"
32                            );
33    
34      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
35      {      {
36          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
# Line 51  Line 58 
58      foreach $genome (@genomes)      foreach $genome (@genomes)
59      {      {
60          $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");          $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");
61            $dbf->SQL("DELETE FROM ext_alias WHERE ( genome = \'$genome\' )");
62      }      }
63  }  }
64    
# Line 92  Line 100 
100                      if (@aliases > 0)                      if (@aliases > 0)
101                      {                      {
102                          $aliases = join(",",grep(/\S/,@aliases));                          $aliases = join(",",grep(/\S/,@aliases));
103                            my $alias;
104                            foreach $alias (@aliases)
105                            {
106                                if ($alias =~ /^(NP_|gi\|)/)
107                                {
108    
109                                    print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\n";
110                                }
111                            }
112                      }                      }
113                      else                      else
114                      {                      {
# Line 110  Line 127 
127      }      }
128  }  }
129  close(REL);  close(REL);
130    close(ALIAS);
131    
132  $dbf->load_table( tbl => "features",  $dbf->load_table( tbl => "features",
133                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );
134    
135    $dbf->load_table( tbl => "ext_alias",
136                      file => "$temp_dir/tmpalias$$" );
137    
138  if (@ARGV == 0)  if (@ARGV == 0)
139  {  {
140        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_alias_ix",
141                            tbl  => "ext_alias",
142                            type => "btree",
143                            flds => "alias" );
144    
145        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_genome_ix",
146                            tbl  => "ext_alias",
147                            type => "btree",
148                            flds => "genome" );
149    
150      $dbf->create_index( idx  => "features_id_ix",      $dbf->create_index( idx  => "features_id_ix",
151                          tbl  => "features",                          tbl  => "features",
152                          type => "btree",                          type => "btree",
# Line 136  Line 167 
167      $dbf->vacuum_it("features")      $dbf->vacuum_it("features")
168  }  }
169  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");
170    unlink("$temp_dir/tmpalias$$");

Legend:
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.8

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3