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revision 1.18, Thu Jun 9 05:51:06 2005 UTC revision 1.20, Mon Dec 5 18:56:37 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # -*- perl -*-  # -*- perl -*-
2    #
3    # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
4    # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5    #
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7    #
8    # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9    # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10    # Public License.
11    #
12    # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13    # along with this program; if not write to the University of Chicago
14    # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15    # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16    # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17    #
18    
19    
20  use strict;  use strict;
21  use FIG;  use FIG;
# Line 61  Line 78 
78      close(SYN);      close(SYN);
79  }  }
80    
 my $changes = {};  
 if (open(TMP, "<$FIG_Config::global/changed.location.features"))  
 {  
     while ($_ = <TMP>)  
     {  
                 if ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.[a-zA-Z]+\.\d+)/)  
                 {  
                         $changes->{$1}++;  
                 }  
     }  
     close(TMP);  
 }  
   
81  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
82  {  {
83          Trace("Processing $genome.") if T(3);          Trace("Processing $genome.") if T(3);
# Line 88  Line 92 
92                          open(TBL,"<$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl"))                          open(TBL,"<$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl"))
93                  {                  {
94                          Trace("Loading $genome/Features/$type/tbl") if T(4);                          Trace("Loading $genome/Features/$type/tbl") if T(4);
95                          while (defined($_ = <TBL>))              my @tbl = <TBL>;
96                close(TBL);
97                my %seen;
98    
99                while ($_ = pop @tbl)
100                          {                          {
101                                  chop;                                  chop;
102                                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);                                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);
103    
104                                  if ($id && ($_ = $changes->{$id}))   # check for obsolete entries due to location changes                  if ($id && (! $seen{$id}))
                                 {  
                                         $changes->{$id}--;  
                                         next;  
                                 }  
   
                                 if ($id)  
105                                  {                                  {
106                        $seen{$id} = 1;
107                                          my($minloc,$maxloc);                                          my($minloc,$maxloc);
108                                          if ($loc)                                          if ($loc)
109                                          {                                          {
# Line 143  Line 146 
146                                          }                                          }
147                                  }                                  }
148                          }                          }
                         close(TBL);  
149                  }                  }
150      }      }
151  }  }

Legend:
Removed from v.1.18  
changed lines
  Added in v.1.20

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