[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.18, Thu Jun 9 05:51:06 2005 UTC revision 1.19, Thu Sep 8 21:28:14 2005 UTC
# Line 61  Line 61 
61      close(SYN);      close(SYN);
62  }  }
63    
 my $changes = {};  
 if (open(TMP, "<$FIG_Config::global/changed.location.features"))  
 {  
     while ($_ = <TMP>)  
     {  
                 if ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.[a-zA-Z]+\.\d+)/)  
                 {  
                         $changes->{$1}++;  
                 }  
     }  
     close(TMP);  
 }  
   
64  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
65  {  {
66          Trace("Processing $genome.") if T(3);          Trace("Processing $genome.") if T(3);
# Line 88  Line 75 
75                          open(TBL,"<$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl"))                          open(TBL,"<$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl"))
76                  {                  {
77                          Trace("Loading $genome/Features/$type/tbl") if T(4);                          Trace("Loading $genome/Features/$type/tbl") if T(4);
78                          while (defined($_ = <TBL>))              my @tbl = <TBL>;
79                close(TBL);
80                my %seen;
81    
82                while ($_ = pop @tbl)
83                          {                          {
84                                  chop;                                  chop;
85                                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);                                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);
86    
87                                  if ($id && ($_ = $changes->{$id}))   # check for obsolete entries due to location changes                  if ($id && (! $seen{$id}))
                                 {  
                                         $changes->{$id}--;  
                                         next;  
                                 }  
   
                                 if ($id)  
88                                  {                                  {
89                        $seen{$id} = 1;
90                                          my($minloc,$maxloc);                                          my($minloc,$maxloc);
91                                          if ($loc)                                          if ($loc)
92                                          {                                          {
# Line 143  Line 129 
129                                          }                                          }
130                                  }                                  }
131                          }                          }
                         close(TBL);  
132                  }                  }
133      }      }
134  }  }
Legend:
Removed from v.1.18  
changed lines
  Added in v.1.19
MCS Webmaster
 ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3