[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.17, Tue Mar 29 18:42:26 2005 UTC revision 1.18, Thu Jun 9 05:51:06 2005 UTC
# Line 4  Line 4 
4  use FIG;  use FIG;
5  my $fig = new FIG;  my $fig = new FIG;
6    
7  use DBrtns;  use Tracer;
   
8    
9    Trace("Preparing to load features.") if T(2);
10    my ($mode, @genomes) = FIG::parse_genome_args(@ARGV);
11  my $temp_dir = "$FIG_Config::temp";  my $temp_dir = "$FIG_Config::temp";
12  my($organisms_dir) = "$FIG_Config::organisms";  my $organisms_dir = "$FIG_Config::organisms";
13    
14  my($genome,@types,$type,$id,$loc,@aliases,$aliases,$contig);  my($genome,@types,$type,$id,$loc,@aliases,$aliases,$contig);
15    
16  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]
17    
18  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";  Open(\*REL, ">$temp_dir/tmpfeat$$");
19  open(ALIAS,"| sort -T $temp_dir -u > $temp_dir/tmpalias$$") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$";  Open(\*ALIAS, "| sort -T $temp_dir -u > $temp_dir/tmpalias$$");
   
 my $dbf = $fig->{_dbf};  
   
   
   
 my @genomes;  
 if (@ARGV == 0)  
 {  
     $dbf->drop_table( tbl => "features" );  
     $dbf->drop_table( tbl => "ext_alias" );  
   
     $dbf->create_table( tbl => 'ext_alias',  
                         flds => "id varchar(32), alias varchar(32), genome varchar(16)"  
                         );  
20    
     if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")  
     {  
         $dbf->create_table( tbl  => "features",  
                             flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .  
                                     "location varchar(5000),"  .  
                                     "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .  
                                     "aliases TEXT"  
                             );  
     }  
     elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")  
     {  
         $dbf->create_table( tbl  => "features",  
                             flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .  
                                     "location TEXT,"  .  
                                     "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .  
                                     "aliases TEXT"  
                             );  
     }  
21    
22      @genomes = $fig->genomes;  if ($mode eq 'all') {
23    
24      # Here we extract external aliases from the peg.synonyms table, when they can be inferred      # Here we extract external aliases from the peg.synonyms table, when they can be inferred
25      # accurately.      # accurately.
26      open(SYN,"<$FIG_Config::global/peg.synonyms") || die "could not open $FIG_Config::global/peg.synonyms";          Trace("Extracting external aliases from the peg.synonyms table.") if T(2);
27        open(\*SYN, "<$FIG_Config::global/peg.synonyms");
28      while (defined($_ = <SYN>))      while (defined($_ = <SYN>))
29      {      {
30          chop;          chop;
# Line 74  Line 44 
44              }              }
45          }          }
46    
         my $x;  
47          foreach $x (@fig)          foreach $x (@fig)
48          {          {
49              my($peg,$peg_ln) = @$x;              my($peg,$peg_ln) = @$x;
# Line 84  Line 53 
53                  if ((@fig == 1) || ($peg_ln == $_->[1]))                  if ((@fig == 1) || ($peg_ln == $_->[1]))
54                  {                  {
55                      print ALIAS "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";                      print ALIAS "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";
56                      # print STDERR "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";                                          Trace("Alias record $peg, $_->[0] for $genome.") if T(4);
57                  }                  }
58              }              }
59          }          }
60      }      }
61      close(SYN);      close(SYN);
62  }  }
 else  
 {  
     @genomes = @ARGV;  
     foreach $genome (@genomes)  
     {  
         $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");  
         $dbf->SQL("DELETE FROM ext_alias WHERE ( genome = \'$genome\' )");  
     }  
 }  
63    
64  my $changes = {};  my $changes = {};
65  if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/changed.location.features"))  if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/changed.location.features"))
# Line 116  Line 76 
76    
77  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
78  {  {
79            Trace("Processing $genome.") if T(3);
80      opendir(FEAT,"$organisms_dir/$genome/Features")      opendir(FEAT,"$organisms_dir/$genome/Features")
81          || die "could not open $genome/Features";          || die "could not open $genome/Features";
82      @types = grep { $_ =~ /^[a-zA-Z]+$/ } readdir(FEAT);      @types = grep { $_ =~ /^[a-zA-Z]+$/ } readdir(FEAT);
# Line 126  Line 87 
87          if ((-s "$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl") &&          if ((-s "$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl") &&
88              open(TBL,"<$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl"))              open(TBL,"<$organisms_dir/$genome/Features/$type/tbl"))
89          {          {
90  #           print STDERR "loading $genome/Features/$type/tbl\n";                          Trace("Loading $genome/Features/$type/tbl") if T(4);
91              while (defined($_ = <TBL>))              while (defined($_ = <TBL>))
92              {              {
93                  chop;                  chop;
# Line 166  Line 127 
127                              {                              {
128    
129                                  print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\tOVERRIDE\n";                                  print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\tOVERRIDE\n";
130                                  # print STDERR "$id\t$alias\t$genome\tOVERRIDE\n";                                                                  Trace("$id override alias $alias for $genome") if T(4);
131                              }                              }
132                          }                          }
133                      }                      }
# Line 188  Line 149 
149  }  }
150  close(REL);  close(REL);
151  close(ALIAS);  close(ALIAS);
152  open(ALIASIN,"<$temp_dir/tmpalias$$") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$";  Open(\*ALIASIN, "<$temp_dir/tmpalias$$");
153  open(ALIASOUT,">$temp_dir/tmpalias$$.1") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$.1";  Open(\*ALIASOUT, ">$temp_dir/tmpalias$$.1");
154    Trace("Parsing alias file.") if T(2);
155  $_ = <ALIASIN>;  $_ = <ALIASIN>;
156  while ($_ && ($_ =~ /^(\S+)/))  while ($_ && ($_ =~ /^(\S+)/))
157  {  {
# Line 223  Line 185 
185  close(ALIASOUT);  close(ALIASOUT);
186  unlink("$temp_dir/tmpalias$$");  unlink("$temp_dir/tmpalias$$");
187    
188  $dbf->load_table( tbl => "features",  $fig->reload_table($mode, 'features',
189                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );                                     "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
190                                        "location TEXT,"  .
191                                        "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
192                                        "aliases TEXT",
193                                            { features_id_ix => "id", features_org_ix => "genome",
194                                              features_type_ix => "type", features_beg_ix => "genome, contig, minloc" },
195                                            "$temp_dir/tmpfeat$$", \@genomes);
196    unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");
197    
198  $dbf->load_table( tbl => "ext_alias",  $fig->reload_table($mode, 'ext_alias',
199                    file => "$temp_dir/tmpalias$$.1" );                                          "id varchar(32), alias varchar(32), genome varchar(16)",
200                                            { ext_alias_alias_ix => "alias", ext_alias_genome_ix => "genome",
201                                              ext_alias_ix_id => "id" },
202                                            "$temp_dir/tmpalias$$.1", \@genomes );
203    
 if (@ARGV == 0)  
 {  
     $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_alias_ix",  
                         tbl  => "ext_alias",  
                         type => "btree",  
                         flds => "alias" );  
   
     $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_genome_ix",  
                         tbl  => "ext_alias",  
                         type => "btree",  
                         flds => "genome" );  
   
     $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_id_ix",  
                         tbl  => "ext_alias",  
                         type => "btree",  
                         flds => "id" );  
   
     $dbf->create_index( idx  => "features_id_ix",  
                         tbl  => "features",  
                         type => "btree",  
                         flds => "id" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",  
                         tbl  => "features",  
                         type => "btree",  
                         flds => "genome" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "type" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "genome,contig,minloc" );  
   
     $dbf->vacuum_it("features")  
 }  
 unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");  
204  unlink("$temp_dir/tmpalias$$.1");  unlink("$temp_dir/tmpalias$$.1");
205    Trace("Features loaded.") if T(2);
206    
207  sub same_class {  sub same_class {
208      my($x,$y) = @_;      my($x,$y) = @_;

Legend:
Removed from v.1.17  
changed lines
  Added in v.1.18

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3