[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.12, Fri Aug 20 17:37:58 2004 UTC revision 1.13, Sat Jan 1 14:33:50 2005 UTC
# Line 59  Line 59 
59      {      {
60          chop;          chop;
61          my($x,$y) = split(/\t/,$_);          my($x,$y) = split(/\t/,$_);
62          my @ids = map { $_ =~ /^([^,]+)/ } ($x,split(/;/,$y));          my @ids = map { $_ =~ /^([^,]+),(\d+)/; [$1,$2] } ($x,split(/;/,$y));
63          my @fig = ();          my @fig = ();
64          my(@nonfig) = ();          my(@nonfig) = ();
65          foreach $_ (@ids)          foreach $_ (@ids)
66          {          {
67              if ($_ =~ /^fig\|/)              if ($_->[0] =~ /^fig\|/)
68              {              {
69                  push(@fig,$_);                  push(@fig,$_);
70              }              }
# Line 74  Line 74 
74              }              }
75          }          }
76    
77          if (@fig == 1)          my $x;
78            foreach $x (@fig)
79          {          {
80              my $genome = &FIG::genome_of($fig[0]);              my($peg,$peg_ln) = @$x;
81                my $genome = &FIG::genome_of($peg);
82              foreach $_ (@nonfig)              foreach $_ (@nonfig)
83              {              {
84                  print ALIAS "$fig[0]\t$_\t$genome\n";                  if ((@fig == 1) || ($peg_ln == $_->[1]))
85                    {
86                        print ALIAS "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";
87                    }
88              }              }
89          }          }
90      }      }

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.13

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3