[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Sat Dec 20 15:19:21 2003 UTC revision 1.11, Mon Aug 16 22:10:55 2004 UTC
# Line 15  Line 15 
15  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]
16    
17  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";
18    open(ALIAS,"| sort -u > $temp_dir/tmpalias$$") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$";
19    
20  my $dbf = $fig->{_dbf};  my $dbf = $fig->{_dbf};
21    
# Line 24  Line 25 
25  if (@ARGV == 0)  if (@ARGV == 0)
26  {  {
27      $dbf->drop_table( tbl => "features" );      $dbf->drop_table( tbl => "features" );
28        $dbf->drop_table( tbl => "ext_alias" );
29    
30        $dbf->create_table( tbl => 'ext_alias',
31                            flds => "id varchar(32), alias varchar(32), genome varchar(16)"
32                            );
33    
34      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
35      {      {
36          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
37                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
38                                      "location varchar(5000),"  .                                      "location varchar(5000),"  .
39                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
40                                      "aliases TEXT, PRIMARY KEY ( id )"                                      "aliases TEXT"
41                              );                              );
42      }      }
43      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
44      {      {
45          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
46                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
47                                      "location TEXT,"  .                                      "location TEXT,"  .
48                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
49                                      "aliases TEXT, PRIMARY KEY ( id )"                                      "aliases TEXT"
50                              );                              );
51      }      }
52    
     $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",  
                         tbl  => "features",  
                         type => "btree",  
                         flds => "genome" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "type" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "genome,contig,minloc" );  
   
53      @genomes = $fig->genomes;      @genomes = $fig->genomes;
54    
55        # Here we extract external aliases from the peg.synonyms table, when they can be inferred
56        # accurately.
57        open(SYN,"<$FIG_Config::global/peg.synonyms") || die "could not open $FIG_Config::global/peg.synonyms";
58        while (defined($_ = <SYN>))
59        {
60            chop;
61            my($x,$y) = split(/\t/,$_);
62            my @ids = map { $_ =~ /^([^,]+)/ } ($x,split(/;/,$y));
63            my @fig = ();
64            my(@nonfig) = ();
65            foreach $_ (@ids)
66            {
67                if ($_ =~ /^fig\|/)
68                {
69                    push(@fig,$_);
70                }
71                else
72                {
73                    push(@nonfig,$_);
74                }
75            }
76    
77            if (@fig == 1)
78            {
79                my $genome = &FIG::genome_of($fig[0]);
80                foreach $_ (@nonfig)
81                {
82                    print ALIAS "$fig[0]\t$_\t$genome\n";
83                }
84            }
85        }
86        close(SYN);
87  }  }
88  else  else
89  {  {
# Line 64  Line 91 
91      foreach $genome (@genomes)      foreach $genome (@genomes)
92      {      {
93          $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");          $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");
94            $dbf->SQL("DELETE FROM ext_alias WHERE ( genome = \'$genome\' )");
95      }      }
96  }  }
97    
# Line 105  Line 133 
133                      if (@aliases > 0)                      if (@aliases > 0)
134                      {                      {
135                          $aliases = join(",",grep(/\S/,@aliases));                          $aliases = join(",",grep(/\S/,@aliases));
136                            my $alias;
137                            foreach $alias (@aliases)
138                            {
139                                if ($alias =~ /^(NP_|gi\||sp\|\tr\||kegg\||uni\|)/)
140                                {
141    
142                                    print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\n";
143                                }
144                            }
145                      }                      }
146                      else                      else
147                      {                      {
# Line 112  Line 149 
149                      }                      }
150                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;
151                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;
152                      print REL "$id\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";                      if ((length($loc) < 5000) && (length($contig) < 96) && (length($id) < 32) && ($id =~ /(\d+)$/))
153                        {
154                            print REL "$id\t$1\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";
155                        }
156                  }                  }
157              }              }
158              close(TBL);              close(TBL);
# Line 120  Line 160 
160      }      }
161  }  }
162  close(REL);  close(REL);
163    close(ALIAS);
164    
165  $dbf->load_table( tbl => "features",  $dbf->load_table( tbl => "features",
166                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );
167    
168  if (@ARGV == 0) {  $dbf->vacuum_it("features") }  $dbf->load_table( tbl => "ext_alias",
169                      file => "$temp_dir/tmpalias$$" );
170    
171    if (@ARGV == 0)
172    {
173        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_alias_ix",
174                            tbl  => "ext_alias",
175                            type => "btree",
176                            flds => "alias" );
177    
178        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_genome_ix",
179                            tbl  => "ext_alias",
180                            type => "btree",
181                            flds => "genome" );
182    
183        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_id_ix",
184                            tbl  => "ext_alias",
185                            type => "btree",
186                            flds => "id" );
187    
188        $dbf->create_index( idx  => "features_id_ix",
189                            tbl  => "features",
190                            type => "btree",
191                            flds => "id" );
192        $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",
193                            tbl  => "features",
194                            type => "btree",
195                            flds => "genome" );
196        $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",
197                            type => "btree",
198                            tbl  => "features",
199                            flds => "type" );
200        $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",
201                            type => "btree",
202                            tbl  => "features",
203                            flds => "genome,contig,minloc" );
204    
205        $dbf->vacuum_it("features")
206    }
207  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");
208    unlink("$temp_dir/tmpalias$$");

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.11

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3