[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.11, Mon Aug 16 22:10:55 2004 UTC revision 1.13, Sat Jan 1 14:33:50 2005 UTC
# Line 59  Line 59 
59      {      {
60          chop;          chop;
61          my($x,$y) = split(/\t/,$_);          my($x,$y) = split(/\t/,$_);
62          my @ids = map { $_ =~ /^([^,]+)/ } ($x,split(/;/,$y));          my @ids = map { $_ =~ /^([^,]+),(\d+)/; [$1,$2] } ($x,split(/;/,$y));
63          my @fig = ();          my @fig = ();
64          my(@nonfig) = ();          my(@nonfig) = ();
65          foreach $_ (@ids)          foreach $_ (@ids)
66          {          {
67              if ($_ =~ /^fig\|/)              if ($_->[0] =~ /^fig\|/)
68              {              {
69                  push(@fig,$_);                  push(@fig,$_);
70              }              }
# Line 74  Line 74 
74              }              }
75          }          }
76    
77          if (@fig == 1)          my $x;
78            foreach $x (@fig)
79          {          {
80              my $genome = &FIG::genome_of($fig[0]);              my($peg,$peg_ln) = @$x;
81                my $genome = &FIG::genome_of($peg);
82              foreach $_ (@nonfig)              foreach $_ (@nonfig)
83              {              {
84                  print ALIAS "$fig[0]\t$_\t$genome\n";                  if ((@fig == 1) || ($peg_ln == $_->[1]))
85                    {
86                        print ALIAS "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";
87                    }
88              }              }
89          }          }
90      }      }
# Line 95  Line 100 
100      }      }
101  }  }
102    
103    my $changes = {};
104    if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/changed.location.features"))
105    {
106        while ($_ = <TMP>)
107        {
108            if ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.[a-zA-Z]+\.\d+)/)
109            {
110                $changes->{$1}++;
111            }
112        }
113        close(TMP);
114    }
115    
116  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
117  {  {
118      opendir(FEAT,"$organisms_dir/$genome/Features")      opendir(FEAT,"$organisms_dir/$genome/Features")
# Line 112  Line 130 
130              {              {
131                  chop;                  chop;
132                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);
133    
134                    if ($id && ($_ = $changes->{$id}))   # check for obsolete entries due to location changes
135                    {
136                        $changes->{$id}--;
137                        next;
138                    }
139    
140                  if ($id)                  if ($id)
141                  {                  {
142                      my($minloc,$maxloc);                      my($minloc,$maxloc);

Legend:
Removed from v.1.11  
changed lines
  Added in v.1.13

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3