[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.10, Thu May 20 12:26:47 2004 UTC revision 1.11, Mon Aug 16 22:10:55 2004 UTC
# Line 34  Line 34 
34      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
35      {      {
36          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
37                              flds => "id varchar(32), type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
38                                      "location varchar(5000),"  .                                      "location varchar(5000),"  .
39                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
40                                      "aliases TEXT"                                      "aliases TEXT"
# Line 43  Line 43 
43      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
44      {      {
45          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
46                              flds => "id varchar(32), type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
47                                      "location TEXT,"  .                                      "location TEXT,"  .
48                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
49                                      "aliases TEXT"                                      "aliases TEXT"
# Line 136  Line 136 
136                          my $alias;                          my $alias;
137                          foreach $alias (@aliases)                          foreach $alias (@aliases)
138                          {                          {
139                              if ($alias =~ /^(NP_|gi\||sp\|\tr\||kegg\|)/)                              if ($alias =~ /^(NP_|gi\||sp\|\tr\||kegg\||uni\|)/)
140                              {                              {
141    
142                                  print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\n";                                  print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\n";
# Line 149  Line 149 
149                      }                      }
150                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;
151                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;
152                      if ((length($loc) < 5000) && (length($contig) < 96) && (length($id) < 32))                      if ((length($loc) < 5000) && (length($contig) < 96) && (length($id) < 32) && ($id =~ /(\d+)$/))
153                      {                      {
154                          print REL "$id\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";                          print REL "$id\t$1\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";
155                      }                      }
156                  }                  }
157              }              }

Legend:
Removed from v.1.10  
changed lines
  Added in v.1.11

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3