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revision 1.1, Mon Dec 1 20:46:40 2003 UTC revision 1.6, Mon Dec 29 02:22:37 2003 UTC
# Line 30  Line 30 
30                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
31                                      "location varchar(5000),"  .                                      "location varchar(5000),"  .
32                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
33                                      "aliases TEXT, PRIMARY KEY ( id )"                                      "aliases TEXT"
34                              );                              );
35      }      }
36      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
# Line 39  Line 39 
39                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
40                                      "location TEXT,"  .                                      "location TEXT,"  .
41                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
42                                      "aliases TEXT, PRIMARY KEY ( id )"                                      "aliases TEXT"
43                              );                              );
44      }      }
45    
     $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",  
                         tbl  => "features",  
                         type => "btree",  
                         flds => "genome" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "type" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "genome,contig,minloc" );  
   
46      @genomes = $fig->genomes;      @genomes = $fig->genomes;
47  }  }
48  else  else
49  {  {
50      @genomes = @ARGV;      @genomes = @ARGV;
51        foreach $genome (@genomes)
52        {
53            $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");
54        }
55  }  }
56    
57  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
# Line 108  Line 99 
99                      }                      }
100                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;
101                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;
102                        if ((length($loc) < 5000) && (length($contig) < 96) && (length($id) < 32))
103                        {
104                      print REL "$id\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";                      print REL "$id\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";
105                  }                  }
106              }              }
107                }
108              close(TBL);              close(TBL);
109          }          }
110      }      }
# Line 120  Line 114 
114  $dbf->load_table( tbl => "features",  $dbf->load_table( tbl => "features",
115                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );
116    
117  if (@ARGV == 0) {  $dbf->vacuum_it("features") }  if (@ARGV == 0)
118    {
119        $dbf->create_index( idx  => "features_id_ix",
120                            tbl  => "features",
121                            type => "btree",
122                            flds => "id" );
123        $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",
124                            tbl  => "features",
125                            type => "btree",
126                            flds => "genome" );
127        $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",
128                            type => "btree",
129                            tbl  => "features",
130                            flds => "type" );
131        $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",
132                            type => "btree",
133                            tbl  => "features",
134                            flds => "genome,contig,minloc" );
135    
136        $dbf->vacuum_it("features")
137    }
138  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.6

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