[Bio] / FigKernelScripts / load_features.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/load_features.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Mon Dec 1 20:46:40 2003 UTC revision 1.14, Tue Jan 4 22:28:29 2005 UTC
# Line 15  Line 15 
15  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]  # usage: load_features [G1 G2 G3 ... ]
16    
17  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";  open(REL,">$temp_dir/tmpfeat$$") || die "could not open $temp_dir/tmpfeat$$";
18    open(ALIAS,"| sort -u > $temp_dir/tmpalias$$") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$";
19    
20  my $dbf = $fig->{_dbf};  my $dbf = $fig->{_dbf};
21    
# Line 24  Line 25 
25  if (@ARGV == 0)  if (@ARGV == 0)
26  {  {
27      $dbf->drop_table( tbl => "features" );      $dbf->drop_table( tbl => "features" );
28        $dbf->drop_table( tbl => "ext_alias" );
29    
30        $dbf->create_table( tbl => 'ext_alias',
31                            flds => "id varchar(32), alias varchar(32), genome varchar(16)"
32                            );
33    
34      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")      if ($FIG_Config::dbms eq "Pg")
35      {      {
36          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
37                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
38                                      "location varchar(5000),"  .                                      "location varchar(5000),"  .
39                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
40                                      "aliases TEXT, PRIMARY KEY ( id )"                                      "aliases TEXT"
41                              );                              );
42      }      }
43      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")      elsif ($FIG_Config::dbms eq "mysql")
44      {      {
45          $dbf->create_table( tbl  => "features",          $dbf->create_table( tbl  => "features",
46                              flds => "id varchar(32) UNIQUE NOT NULL, type varchar(16),genome varchar(16),"  .                              flds => "id varchar(32), idN INTEGER, type varchar(16),genome varchar(16),"  .
47                                      "location TEXT,"  .                                      "location TEXT,"  .
48                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .                                      "contig varchar(96), minloc INTEGER, maxloc INTEGER,"  .
49                                      "aliases TEXT, PRIMARY KEY ( id )"                                      "aliases TEXT"
50                              );                              );
51      }      }
52    
     $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",  
                         tbl  => "features",  
                         type => "btree",  
                         flds => "genome" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "type" );  
     $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",  
                         type => "btree",  
                         tbl  => "features",  
                         flds => "genome,contig,minloc" );  
   
53      @genomes = $fig->genomes;      @genomes = $fig->genomes;
54    
55        # Here we extract external aliases from the peg.synonyms table, when they can be inferred
56        # accurately.
57        open(SYN,"<$FIG_Config::global/peg.synonyms") || die "could not open $FIG_Config::global/peg.synonyms";
58        while (defined($_ = <SYN>))
59        {
60            chop;
61            my($x,$y) = split(/\t/,$_);
62            my @ids = map { $_ =~ /^([^,]+),(\d+)/; [$1,$2] } ($x,split(/;/,$y));
63            my @fig = ();
64            my(@nonfig) = ();
65            foreach $_ (@ids)
66            {
67                if ($_->[0] =~ /^fig\|/)
68                {
69                    push(@fig,$_);
70                }
71                else
72                {
73                    push(@nonfig,$_);
74                }
75            }
76    
77            my $x;
78            foreach $x (@fig)
79            {
80                my($peg,$peg_ln) = @$x;
81                my $genome = &FIG::genome_of($peg);
82                foreach $_ (@nonfig)
83                {
84                    if ((@fig == 1) || ($peg_ln == $_->[1]))
85                    {
86                        print ALIAS "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";
87                        print STDERR "$peg\t$_->[0]\t$genome\n";
88                    }
89                }
90            }
91        }
92        close(SYN);
93  }  }
94  else  else
95  {  {
96      @genomes = @ARGV;      @genomes = @ARGV;
97        foreach $genome (@genomes)
98        {
99            $dbf->SQL("DELETE FROM features WHERE ( genome = \'$genome\' )");
100            $dbf->SQL("DELETE FROM ext_alias WHERE ( genome = \'$genome\' )");
101        }
102    }
103    
104    my $changes = {};
105    if (open(TMP,"<$FIG_Config::global/changed.location.features"))
106    {
107        while ($_ = <TMP>)
108        {
109            if ($_ =~ /^(fig\|\d+\.\d+\.[a-zA-Z]+\.\d+)/)
110            {
111                $changes->{$1}++;
112            }
113        }
114        close(TMP);
115  }  }
116    
117  foreach $genome (@genomes)  foreach $genome (@genomes)
# Line 80  Line 131 
131              {              {
132                  chop;                  chop;
133                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);                  ($id,$loc,@aliases) = split(/\t/,$_);
134    
135                    if ($id && ($_ = $changes->{$id}))   # check for obsolete entries due to location changes
136                    {
137                        $changes->{$id}--;
138                        next;
139                    }
140    
141                  if ($id)                  if ($id)
142                  {                  {
143                      my($minloc,$maxloc);                      my($minloc,$maxloc);
# Line 101  Line 159 
159                      if (@aliases > 0)                      if (@aliases > 0)
160                      {                      {
161                          $aliases = join(",",grep(/\S/,@aliases));                          $aliases = join(",",grep(/\S/,@aliases));
162                            my $alias;
163                            foreach $alias (@aliases)
164                            {
165                                if ($alias =~ /^(NP_|gi\||sp\|\tr\||kegg\||uni\|)/)
166                                {
167    
168                                    print ALIAS "$id\t$alias\t$genome\tOVERRIDE\n";
169                                    print STDERR "$id\t$alias\t$genome\tOVERRIDE\n";
170                                }
171                            }
172                      }                      }
173                      else                      else
174                      {                      {
# Line 108  Line 176 
176                      }                      }
177                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;                      $minloc = (! $minloc) ? 0 : $minloc;
178                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;                      $maxloc = (! $maxloc) ? 0 : $maxloc;
179                      print REL "$id\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";                      if ((length($loc) < 5000) && (length($contig) < 96) && (length($id) < 32) && ($id =~ /(\d+)$/))
180                        {
181                            print REL "$id\t$1\t$type\t$genome\t$loc\t$contig\t$minloc\t$maxloc\t$aliases\n";
182                        }
183                  }                  }
184              }              }
185              close(TBL);              close(TBL);
# Line 116  Line 187 
187      }      }
188  }  }
189  close(REL);  close(REL);
190    close(ALIAS);
191    open(ALIASIN,"<$temp_dir/tmpalias$$") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$";
192    open(ALIASOUT,">$temp_dir/tmpalias$$.1") || die "could not open $temp_dir/tmpalias$$.1";
193    $_ = <ALIASIN>;
194    while ($_ && ($_ =~ /^(\S+)/))
195    {
196        my @aliases = ();
197        my $curr = $1;
198        while ($_ && ($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)(\t(\S+))?/) && ($1 eq $curr))
199        {
200            push(@aliases,[$2,$3 ? 1 : 0]);
201            $_ = <ALIASIN>;
202        }
203        my $x;
204        my $genome = &FIG::genome_of($curr);
205        foreach $x (@aliases)
206        {
207            if ($x->[1])
208            {
209                print ALIASOUT "$curr\t$x->[0]\t$genome\n";
210            }
211            else
212            {
213                my $i;
214                for ($i=0; ($i < @aliases) && ((! $aliases[$i]->[1]) || (! &same_class($x->[0],$aliases[$i]->[0]))); $i++) {}
215                if ($i == @aliases)
216                {
217                    print ALIASOUT "$curr\t$x->[0]\t$genome\n";
218                }
219            }
220        }
221    }
222    close(ALIASIN);
223    close(ALIASOUT);
224    unlink("$temp_dir/tmpalias$$");
225    
226  $dbf->load_table( tbl => "features",  $dbf->load_table( tbl => "features",
227                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );                    file => "$temp_dir/tmpfeat$$" );
228    
229  if (@ARGV == 0) {  $dbf->vacuum_it("features") }  $dbf->load_table( tbl => "ext_alias",
230                      file => "$temp_dir/tmpalias$$.1" );
231    
232    if (@ARGV == 0)
233    {
234        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_alias_ix",
235                            tbl  => "ext_alias",
236                            type => "btree",
237                            flds => "alias" );
238    
239        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_genome_ix",
240                            tbl  => "ext_alias",
241                            type => "btree",
242                            flds => "genome" );
243    
244        $dbf->create_index( idx  => "ext_alias_id_ix",
245                            tbl  => "ext_alias",
246                            type => "btree",
247                            flds => "id" );
248    
249        $dbf->create_index( idx  => "features_id_ix",
250                            tbl  => "features",
251                            type => "btree",
252                            flds => "id" );
253        $dbf->create_index( idx  => "features_org_ix",
254                            tbl  => "features",
255                            type => "btree",
256                            flds => "genome" );
257        $dbf->create_index( idx  => "features_type_ix",
258                            type => "btree",
259                            tbl  => "features",
260                            flds => "type" );
261        $dbf->create_index( idx  => "features_beg_ix",
262                            type => "btree",
263                            tbl  => "features",
264                            flds => "genome,contig,minloc" );
265    
266        $dbf->vacuum_it("features")
267    }
268  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");  unlink("$temp_dir/tmpfeat$$");
269    unlink("$temp_dir/tmpalias$$.1");
270    
271    sub same_class {
272        my($x,$y) = @_;
273    
274        my $class1 = &classA($x);
275        my $class2 = &classA($y);
276        return ($class1 && ($class1 eq $class2));
277    }
278    
279    sub classA {
280        my($alias) = @_;
281    
282        if ($alias =~ /^([^\|]+)\|/)
283        {
284            return $1;
285        }
286        elsif ($alias =~ /^[NXYZA]P_[0-9\.]+$/)
287        {
288            return "refseq";
289        }
290        else
291        {
292            return "";
293        }
294    }

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.14

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3