[Bio] / FigKernelScripts / load_external_orgs.pl Repository:
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1 : efrank 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     ###########################################
4 :     use strict;
5 :     use FIG;
6 : parrello 1.2 use Tracer;
7 : efrank 1.1
8 :     my $fig = new FIG;
9 :    
10 :     my($temp_dir,$prot,$org);
11 :    
12 :     # usage: load_extaernal_orgs
13 :    
14 :    
15 :     $temp_dir = $FIG_Config::temp;
16 : parrello 1.2 my $orgFile = "$temp_dir/tmp$$";
17 :     Open(\*TAB, ">$orgFile");
18 :     Open(\*SPORG, "<$FIG_Config::global/ext_org.table");
19 :     Trace("Copying external organism file.") if T(2);
20 :     while (defined($_ = <SPORG>)) {
21 : efrank 1.1 chop;
22 :     ($prot,$org) = split(/\t/,$_);
23 : parrello 1.2 if (defined($prot) && defined($org) && (length($org) < 64)) {
24 :     print TAB "$prot\t$org\n";
25 : efrank 1.1 }
26 :     }
27 :     close(TAB);
28 :     close(SPORG);
29 :    
30 : parrello 1.2 $fig->reload_table('all', "external_orgs",
31 :     "prot varchar(32), org varchar(64)",
32 :     { external_orgs_ix => "prot" },
33 :     $orgFile);
34 :     unlink($orgFile);
35 :     Trace("External organisms loaded.") if T(2);

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