[Bio] / FigKernelScripts / load_coupling.pl Repository:
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1 : overbeek 1.1
2 :     # -*- perl -*-
3 :    
4 :     use FIG;
5 :     my $fig = new FIG;
6 :    
7 :     $usage = "usage: load_coupling PCHdir Scores";
8 :    
9 :     (
10 :     ($pchD = shift @ARGV) && (-d $pchD) &&
11 :     ($scores = shift @ARGV) && (-s $scores)
12 :     )
13 :     || die $usage;
14 :    
15 :     use DBrtns;
16 :    
17 :    
18 :     my $dbf = $fig->{_dbf};
19 :    
20 :     $dbf->drop_table( tbl => "fc_pegs" );
21 :     $dbf->create_table( tbl => 'fc_pegs',
22 :     flds => "peg1 varchar(32), peg2 varchar(32), score integer"
23 :     );
24 :     $dbf->load_table( tbl => "fc_pegs",
25 :     file => $scores );
26 :     $dbf->create_index( idx => "fc_pegs_ix",
27 :     tbl => "fc_pegs",
28 :     type => "btree",
29 :     flds => "peg1,peg2" );
30 :    
31 :     $dbf->vacuum_it("fc_pegs");
32 :    
33 :     $dbf->drop_table( tbl => "pchs" );
34 :     $dbf->create_table( tbl => 'pchs',
35 :     flds => "peg1 varchar(32), peg2 varchar(32), peg3 varchar(32), peg4 varchar(32),
36 :     inden13 varchar(6), inden24 varchar(6), para3 integer, para4 integer"
37 :     );
38 :    
39 :     opendir(PCHD,$pchD) || die "could not open $pchD";
40 :     @files = grep { ($_ !~ /^\./) && (-s "$pchD/$_") } readdir(PCHD);
41 :     foreach $file (@files)
42 :     {
43 :     $dbf->load_table( tbl => "pchs",
44 :     file => "$pchD/$file" );
45 :     }
46 :     $dbf->create_index( idx => "pchs_ix",
47 :     tbl => "pchs",
48 :     type => "btree",
49 :     flds => "peg1,peg2" );
50 :    
51 :     $dbf->vacuum_it("pchs");
52 :    

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