[Bio] / FigKernelScripts / insert_into_a_tree.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/insert_into_a_tree.pl

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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 #!/usr/bin/env /Volumes/seagate/FIGdisk/env/mac/bin/perl
2 :    
3 :     BEGIN {
4 :     @INC = qw(
5 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/dist/releases/ross/mac/lib
6 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/dist/releases/ross/mac/lib/FigKernelPackages
7 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/dist/ross/mac/lib
8 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/dist/ross/mac/lib/FigKernelPackages
9 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/env/mac/lib/perl5/5.8.7/darwin-2level
10 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/env/mac/lib/perl5/5.8.7
11 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/env/mac/lib/perl5/site_perl/5.8.7/darwin-2level
12 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/env/mac/lib/perl5/site_perl/5.8.7
13 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/env/mac/lib/perl5/site_perl
14 :     .
15 :     /Volumes/seagate/FIGdisk/config
16 :    
17 :     );
18 :     }
19 :     use Data::Dumper;
20 :     use Carp;
21 :     use FIG_Config;
22 :     $ENV{'BLASTMAT'} = "/Volumes/seagate/FIGdisk/BLASTMAT";
23 :     $ENV{'FIG_HOME'} = "/Volumes/seagate/FIGdisk";
24 :     # end of tool_hdr
25 :     ########################################################################
26 :    
27 : overbeek 1.2
28 : overbeek 1.1 use FIG;
29 :     use InsertIntoTree;
30 :     use strict;
31 :    
32 :     use gjoseqlib;
33 :     use gjonewicklib;
34 :    
35 : overbeek 1.2 my $usage = "usage: insert_into_a_tree [-c CheckPointFile] Alignment Tree [TreeProg] > new.tree\n";
36 :    
37 :     my $check_point = undef;
38 :     while ($ARGV[0] =~ /^-/)
39 :     {
40 :     my $flag = shift @ARGV;
41 :     if ( $flag =~ /^-c/ )
42 :     {
43 :     $check_point = shift @ARGV;
44 :     }
45 :     else
46 :     {
47 :     die "Error: invalid flag $flag\n$usage"
48 :     }
49 :     }
50 : overbeek 1.1
51 :     my($aliF,$treeF);
52 :     (
53 :     ($aliF = shift @ARGV) &&
54 :     ($treeF = shift @ARGV)
55 :     )
56 :     || die $usage;
57 :    
58 :     my $tree_prog = (@ARGV > 0) ? $ARGV[0] : undef;
59 :    
60 :     my $ali = &gjoseqlib::read_fasta($aliF);
61 :     my $tree = &gjonewicklib::parse_newick_tree_str(join("",`cat $treeF`));
62 :    
63 : overbeek 1.2 my $new_tree = &InsertIntoTree::update_old_tree_using_new_ali( align => $ali,
64 :     tree => $tree,
65 :     tree_prog => $tree_prog,
66 :     check_point => $check_point
67 :     );
68 : overbeek 1.1 &gjonewicklib::writeNewickTree($new_tree);
69 :    

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