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1 : olson 1.1 use strict;
2 :     use DB_File;
3 :    
4 :     #
5 :     # Create a btree indexed version of the given NR.
6 :     #
7 :    
8 :     my $usage = "index_nr nr-file index-nr-file";
9 :    
10 :     @ARGV == 2 or die $usage;
11 :    
12 :     my $nr = shift;
13 :     my $inr = shift;
14 :    
15 :     open(NR, "<$nr") or die "Cannot open NR $nr: $!\n";
16 :    
17 :     my %idx;
18 :    
19 :     my $db = tie %idx, "DB_File", $inr, O_RDWR | O_CREAT, 0666, $DB_BTREE;
20 :     $db or die "Cannot create btree $inr: $!\n";
21 :    
22 :    
23 :     $/ = "\n>";
24 :     while (defined($_ = <NR>))
25 :     {
26 :     chomp;
27 :     if ($_ =~ /^>?(\S+)[^\n]*\n(.*)/s)
28 :     {
29 :     my $id = $1;
30 :     my $seq = $2;
31 :     $seq =~ s/\s//gs;
32 :     $idx{$id} = $seq;
33 :     }
34 :     }
35 :     close(NR);
36 :     $db->sync();
37 :     untie %idx;
38 :    
39 :    

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