[Bio] / FigKernelScripts / index_anno_clearinghouse.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/index_anno_clearinghouse.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Wed Sep 5 21:12:21 2007 UTC revision 1.3, Wed Nov 7 15:40:38 2007 UTC
# Line 25  Line 25 
25    
26  my %NR_files;  my %NR_files;
27    
28    $DB_BTREE->{flags} = R_DUP;
29    
30  #  #
31  # Scan inputs.  # Scan inputs.
32  #  #
# Line 42  Line 44 
44  my $org_file = "$dir_target/org.btree";  my $org_file = "$dir_target/org.btree";
45  my $orgname_file = "$dir_target/orgname.btree";  my $orgname_file = "$dir_target/orgname.btree";
46  my $orgnum_file = "$dir_target/orgnum.btree";  my $orgnum_file = "$dir_target/orgnum.btree";
47    my $alias_file = "$dir_target/alias.btree";
48    
49  my $next_orgnum = 1;  my $next_orgnum = 1;
50    
# Line 49  Line 52 
52  -f $org_file and unlink($org_file);  -f $org_file and unlink($org_file);
53  -f $orgname_file and unlink($orgname_file);  -f $orgname_file and unlink($orgname_file);
54  -f $orgnum_file and unlink($orgnum_file);  -f $orgnum_file and unlink($orgnum_file);
55    -f $alias_file and unlink($alias_file);
56  my %func;  my %func;
57  my $func_tie = tie %func, 'DB_File', $func_file, O_RDWR | O_CREAT, 0666, $DB_BTREE;  my $func_tie = tie %func, 'DB_File', $func_file, O_RDWR | O_CREAT, 0666, $DB_BTREE;
58  $func_tie or die "Cannot create bree $func_file: $!\n";  $func_tie or die "Cannot create bree $func_file: $!\n";
# Line 65  Line 69 
69  my $orgnum_tie = tie %orgnum, 'DB_File', $orgnum_file, O_RDWR | O_CREAT, 0666, $DB_BTREE;  my $orgnum_tie = tie %orgnum, 'DB_File', $orgnum_file, O_RDWR | O_CREAT, 0666, $DB_BTREE;
70  $orgnum_tie or die "Cannot create bree $orgnum_file: $!\n";  $orgnum_tie or die "Cannot create bree $orgnum_file: $!\n";
71    
72    my %alias;
73    my $alias_tie = tie %alias, 'DB_File', $alias_file, O_RDWR | O_CREAT, 0666, $DB_BTREE;
74    $alias_tie or die "Cannot create bree $alias_file: $!\n";
75    
76  for my $ent (values %NR_files)  for my $ent (values %NR_files)
77  {  {
78      if ($ent->{type} eq 'seed_org')      if ($ent->{type} eq 'seed_org')
# Line 105  Line 113 
113              {              {
114                  chomp;                  chomp;
115                  my($id, $org) = split(/\t/);                  my($id, $org) = split(/\t/);
116                  $org{$id} = get_orgnum($org);                  my $val = get_orgnum($org);
117                    $org{$id} = $val;
118                    # map { $org{$_} = $val } map_id($id);
119              }              }
120              close(OF);              close(OF);
121          }          }
# Line 116  Line 126 
126              {              {
127                  chomp;                  chomp;
128                  my($id, $func) = split(/\t/);                  my($id, $func) = split(/\t/);
129                  $func{$id} = join($;, $ent->{name}, $func);                  my $val = join($;, $ent->{name}, $func);
130                    $func{$id} = $val;
131                    #map { $func{$_} = $val } map_id($id);
132    
133                    if ($id =~ /^[^|]+\|(.*)/)
134                    {
135                        $alias{$1} = $id;
136                    }
137              }              }
138              close(FF);              close(FF);
139          }          }
# Line 125  Line 142 
142      $org_tie->sync();      $org_tie->sync();
143      $orgname_tie->sync();      $orgname_tie->sync();
144      $orgnum_tie->sync();      $orgnum_tie->sync();
145        $alias_tie->sync();
146  }  }
147    
148  sub get_orgnum  sub get_orgnum
# Line 140  Line 158 
158      }      }
159      return $num      return $num
160  }  }
161    
162    sub map_id
163    {
164        my($id) = @_;
165    
166        if ($id =~ /^[^|]+\|(.*)/)
167        {
168            return ($id, $1);
169        }
170        else
171        {
172            return ($id);
173        }
174    }

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3