[Bio] / FigKernelScripts / import_external_sequences_step1.pl Repository:
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1 : overbeek 1.1
2 :     use FIG;
3 :    
4 :     $usage = "usage: import_external_sequences_step1 SequencesDirectory";
5 :    
6 :     (
7 :     ($seq_dir = shift @ARGV) && opendir(NEW,$seq_dir)
8 :     )
9 :     || die $usage;
10 :    
11 :     opendir(OLD,$_ = "$FIG_Config::data/NR") || die "What happened to $_?";
12 :    
13 :     @old = grep { $_ !~ /^\./ } readdir(OLD);
14 :     closedir(OLD);
15 :    
16 :     @new = grep { $_ !~ /^\./ } readdir(NEW);
17 :     closedir(NEW);
18 :     %new = map { $_ => 1 } @new;
19 :    
20 :     @replaced = grep { $new{$_} } @old;
21 :    
22 :     $scr = "$FIG_Config::temp/NR.update.$$";
23 :     mkdir($scr,0777) || die "could not make $scr";
24 :    
25 :     (undef,undef,undef,$day,$mon,$yr) = localtime;
26 :     $time = join("_",(1900+$yr,$mon+1,$day));
27 :    
28 :     $archive = "$FIG_Config::data/Archive/NR/$time";
29 :     &FIG::verify_dir($archive);
30 :     foreach $subdir (@replaced)
31 :     {
32 :     &FIG::run("cp -rp $FIG_Config::data/NR/$subdir $archive");
33 :     }
34 :    
35 :     foreach $subdir (@new)
36 :     {
37 :     &FIG::run("cp -rp $seq_dir/$subdir $FIG_Config::data/NR/$subdir");
38 :     }
39 :    
40 :     &FIG::run("cp $FIG_Config::global/nr $scr/old.nr");
41 :     &FIG::run("cp $FIG_Config::global/peg.synonyms $scr/old.peg.synonyms");
42 :    
43 :     &FIG::run("build_nr_sources > $scr/nr.sources");
44 :     &FIG::run("build_nr $scr/nr.sources $scr/nr $scr/peg.synonyms");
45 :     &FIG::run("compute_changed_ids_for_nrs $FIG_Config::global/nr $FIG_Config::global/peg.synonyms $scr/nr $scr/mapped.ids $scr/added.ids $scr/deleted.ids");
46 :     &FIG::run("pull_fasta_entries $scr/nr < $scr/added.ids > $scr/fasta.added.entries");
47 :     print STDERR "Now run import_external_sequences_step2 $scr/nr $scr/fasta.added.entries $scr/new.similarities";

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