[Bio] / FigKernelScripts / find_gaps.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/find_gaps.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.7, Tue Oct 23 18:13:57 2007 UTC revision 1.8, Thu Dec 20 07:53:36 2007 UTC
# Line 107  Line 107 
107  #       $gap_len = $gap_end - $gap_beg + 1;  #       $gap_len = $gap_end - $gap_beg + 1;
108          $gap_loc = "$contig\_$gap_beg\_$gap_end";          $gap_loc = "$contig\_$gap_beg\_$gap_end";
109    
110            if (($gap_beg < 1) || ($gap_end > $len_of->{$contig})) {
111                print STDERR "Skipping out-of-bounds location: $gap_loc\n";
112                next;
113            }
114    
115          print "fig|$org_id.gap.".(++$gap_num) . "\t$gap_loc\n";          print "fig|$org_id.gap.".(++$gap_num) . "\t$gap_loc\n";
116      }      }
117  }  }
# Line 166  Line 171 
171                  if ($extend_5prime_end && ($fid_type eq qq(peg))) {                  if ($extend_5prime_end && ($fid_type eq qq(peg))) {
172                      print STDERR "$fid:\t$locus\tbeg = $beg --> " if $ENV{VERBOSE};                      print STDERR "$fid:\t$locus\tbeg = $beg --> " if $ENV{VERBOSE};
173                      $beg -= ($beg < $end) ? +$extend_5prime_end : -$extend_5prime_end;                      $beg -= ($beg < $end) ? +$extend_5prime_end : -$extend_5prime_end;
174                      $beg = &FIG::max(0, &FIG::min($beg, $len_of->{$contig}));                      $beg = &FIG::max(1, &FIG::min($beg, $len_of->{$contig}));
175                      print STDERR "$beg\n" if $ENV{VERBOSE};                      print STDERR "$beg\n" if $ENV{VERBOSE};
176                  }                  }
177                  $len = 1 + abs($end-$beg);                  $len = 1 + abs($end-$beg);

Legend:
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.8

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3