[Bio] / FigKernelScripts / fig_net.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/fig_net.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Mon Jun 21 22:08:14 2004 UTC revision 1.4, Sat Aug 23 23:39:22 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # -*- perl -*-  # -*- perl -*-
2    #
3    # Copyright (c) 2003-2008 University of Chicago and Fellowship
4    # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
5    #
6    # This file is part of the SEED Toolkit.
7    #
8    # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
9    # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
10    # Public License.
11    #
12    # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
13    # along with this program; if not write to the University of Chicago
14    # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
15    # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
16    # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
17    #
18    
19  use Carp;  use Carp;
20  use Data::Dumper;  use Data::Dumper;
21  use Time::HiRes qw(gettimeofday);  use Time::HiRes qw(gettimeofday);
# Line 534  Line 551 
551                  chop;                  chop;
552                  ($peg,$func,$conf) = split(/\t/,$_);                  ($peg,$func,$conf) = split(/\t/,$_);
553                  if (! $conf) { $conf = "" }                  if (! $conf) { $conf = "" }
554                  if ($user =~ /master:(.*)/)  
                 {  
                     $userR = $1;  
555                      $funcO = $figN->function_of($peg);                      $funcO = $figN->function_of($peg);
556                      if ($funcO ne $func)                      if ($funcO ne $func)
557                      {                      {
558                          $figN->assign_function($peg,"master",$func,$conf);                      #  assign_function writes annotation
                         $figN->add_annotation($peg,$userR,"Set master function to\n$func\n");  
                     }  
                 }  
                 else  
                 {  
                     $funcO = $figN->function_of($peg,$user);  
                     if ($funcO ne $func)  
                     {  
559                          $figN->assign_function($peg,$user,$func,$conf);                          $figN->assign_function($peg,$user,$func,$conf);
                         $figN->add_annotation($peg,$user,"Set function to\n$func\n");  
                     }  
560                  }                  }
561              }              }
562              close(TMP);              close(TMP);
# Line 740  Line 745 
745                  $function = $2;                  $function = $2;
746                  $conf = $4 ? $4 : "";                  $conf = $4 ? $4 : "";
747                  $n++;                  $n++;
748                  if ($user =~ /master:(.*)/)  
749                  {                  #  assign_function does everything now
                     $userR = $1;  
                     $figN->assign_function($prot,"master",$function,$conf);  
                     if ($userR ne "none")  
                     {  
                         $figN->add_annotation($prot,$userR,"Set master function to\n$function\n");  
                     }  
                 }  
                 else  
                 {  
750                      $figN->assign_function($prot,$user,$function,$conf);                      $figN->assign_function($prot,$user,$function,$conf);
                     if ($user ne "none")  
                     {  
                         $figN->add_annotation($prot,$user,"Set function to\n$function\n");  
                     }  
                 }  
751              }              }
752          }          }
753          close(TMP);          close(TMP);

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3