[Bio] / FigKernelScripts / ex_rare_ar_and_pegs.pl Repository:
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1 : overbeek 1.1 use Data::Dumper;
2 :     use Getopt::Long;
3 :     use SeedEnv;
4 :     use strict;
5 :    
6 :     my $usage = "usage: ex_rare_ar_and_pegs -d DataDir\n";
7 :     my($i,$j);
8 :     my $dataD;
9 :     my $rc = GetOptions('d=s' => \$dataD);
10 :    
11 :     if ((! $rc) || (! -d $dataD))
12 :     {
13 :     print STDERR $usage; exit ;
14 :     }
15 :    
16 :     open(AR,">$dataD/rarely.on.AR") || die "could not open $dataD/rarely.on.AR";
17 :     my %on;
18 :     foreach $_ (`cat $dataD/atomic.regulon.on.off.calls`)
19 :     {
20 :     if ($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)\t(1)$/)
21 :     {
22 :     push(@{$on{$2}},$1);
23 :     }
24 :     }
25 :    
26 :     foreach my $ar (sort { $a <=> $b } keys(%on))
27 :     {
28 :     my $x = $on{$ar};
29 :     my $n = @$x;
30 :     if (($n > 0) && ($n < 21))
31 :     {
32 :     foreach my $sample (@$x)
33 :     {
34 :     print AR join("\t",($ar,$n,$sample)),"\n";
35 :     }
36 :     }
37 :     }
38 :    
39 :     close(AR);
40 :    
41 :    
42 :     open(PEGS,">$dataD/rarely.on.PEGs") || die "could not open $dataD/rarely.on.PEGs";
43 :     undef %on;
44 :     foreach $_ (`cat $dataD/peg.on.off.calls`)
45 :     {
46 :     if ($_ =~ /^(\S+)\t(\S+)\t(1)$/)
47 :     {
48 :     push(@{$on{$2}},$1);
49 :     }
50 :     }
51 :    
52 :     foreach my $peg (sort { &SeedUtils::by_fig_id($a,$b) } keys(%on))
53 :     {
54 :     my $x = $on{$peg};
55 :     my $n = @$x;
56 :     if (($n > 0) && ($n < 21))
57 :     {
58 :     foreach my $sample (@$x)
59 :     {
60 :     print PEGS join("\t",($peg,$n,$sample)),"\n";
61 :     }
62 :     }
63 :     }
64 :     close(PEGS);

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