[Bio] / FigKernelScripts / db_xrefs_of.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/db_xrefs_of.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Tue Mar 29 16:06:09 2005 UTC revision 1.3, Tue Mar 29 19:18:40 2005 UTC
# Line 10  Line 10 
10                 nr   => 3,                 nr   => 3,
11                 uni  => 4,                 uni  => 4,
12                 kegg => 5,                 kegg => 5,
13                 gi   => 6                 gi   => 6,
14                   fig  => 7
15               );               );
16    
17  while (defined($line = <STDIN>))  while (defined($line = <STDIN>))
# Line 21  Line 22 
22          $id = $1;          $id = $1;
23          if ($id =~ /^fig\|/)          if ($id =~ /^fig\|/)
24          {          {
25              @possible_xrefs = $fig->feature_aliases($id);              @possible_xrefs = ($id,$fig->feature_aliases($id));
26            }
27            elsif ($peg = $fig->by_alias($id))
28            {
29                @possible_xrefs = ($peg,$fig->feature_aliases($peg));
30          }          }
31          else          else
32          {          {
33              @possible_xrefs =  grep { $_ ne $id }              @possible_xrefs =  map  { $_->[0] }
                                map  { $_->[0] }  
34              $fig->mapped_prot_ids($id);              $fig->mapped_prot_ids($id);
35          }          }
36    
37          @xrefs =  map { $_->[0] }          @xrefs =  map { $_->[0] }
38                    grep { ($_->[1] ne "misc") && ($_->[1] ne "gene") }                    grep { ($_->[1] ne "misc") && ($_->[1] ne "gene") }
39                    map { [$_,&type_alias($_)] }                    map { [$_,&type_alias($_)] }

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3