[Bio] / FigKernelScripts / createTIGRfamSrc.pl Repository:
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1 : bartels 1.1 #!/vol/cee/bin/perl
2 :     #
3 :     #
4 :    
5 :     =head1 NAME
6 :    
7 :     createTIGfamSrc -- convert TIGR HMM file to table format
8 :    
9 :     =head1 SYNOPSIS
10 :    
11 :     ccreateTIGfamSrc.pl /vol/biotools/share/tigrfams/TIGRFAMs_6.0_HMM.LIB
12 :    
13 :     =head1 DESCRIPTION
14 :    
15 :     Convert tigrfams input file (from TIGR server) to tabular format.
16 :     Our local instance is: /vol/biodb/tigrfams/
17 :    
18 :     The file we use is: TIGRFAMs_6.0_HMM.LIB
19 :     Our local, extracted copy lives in: /vol/biotools/share/tigrfams/TIGRFAMs_6.0_HMM.LIB
20 :    
21 :     Example of output format:
22 :    
23 :     TIGR02992 ectoine_eutC: ectoine utilization protein EutC
24 :    
25 :    
26 :     =head1 AUTHOR
27 :    
28 :     Folker Meyer
29 :    
30 :     =cut
31 :    
32 :     use strict;
33 :    
34 :     my $infile=$ARGV[0];
35 :     my $line="";
36 :     my $datahash=();
37 :    
38 :     open (INFILE, $infile) || die "could not open $infile";
39 :     while ($line = <INFILE>) {
40 :    
41 :     chomp ($line);
42 :     #print "$line\n";
43 :    
44 :     if ($line =~ /ACC\s+(.*)/ ) {
45 :     print "$1\t";
46 :     }
47 :    
48 :     if ($line =~ /DESC\s+(.*)/ ) {
49 :     print "$1\t\n";
50 :     }
51 :     }
52 :     close (INFILE);
53 :    
54 :    

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