[Bio] / FigKernelScripts / conditionally_assign.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/conditionally_assign.pl

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1 : overbeek 1.1 use FIG;
2 :     my $fig = new FIG;
3 :    
4 :     # usage: conditionally_assign [User] [no_annotations] < 3-column-assignments [PEG,Old,New]
5 :    
6 :     $user = "master";
7 :     $annotations = 1;
8 :    
9 :     foreach $arg (@ARGV)
10 :     {
11 :     if ($arg eq "no_annotations")
12 :     {
13 :     $annotations = 0;
14 :     }
15 :     else
16 :     {
17 :     $user = $arg;
18 :     }
19 :     }
20 :    
21 :     if ($user =~ /master:(.*)/)
22 :     {
23 :     $userR = $1;
24 :     }
25 :     else
26 :     {
27 :     $userR = $user;
28 :     }
29 :    
30 :     while ($_ = <STDIN>)
31 :     {
32 :     chop;
33 :     ($peg,$old,$new) = split(/\t/,$_);
34 :     if ($old eq $fig->function_of($peg,$userR))
35 :     {
36 :     $fig->assign_function($peg,$userR,$new,"");
37 :     if ($annotations)
38 :     {
39 :     $who = ($user ne $userR) ? "master" : $userR;
40 :     $fig->add_annotation($peg,$userR,"Set $who function to\n$new\n");
41 :     }
42 :     }
43 :     }
44 :    

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