[Bio] / FigKernelScripts / compare_scenarios.pl Repository:
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1 : olson 1.1 use strict;
2 :     use model;
3 : olson 1.2 use FIGV;
4 :    
5 : dejongh 1.4 my ($orgdir,$dont_copy);
6 : olson 1.2 while ((@ARGV > 0) && ($ARGV[0] =~ /^-/))
7 :     {
8 :     my $arg = shift @ARGV;
9 :     if ($arg =~ /^-orgdir/)
10 :     {
11 :     $orgdir = shift @ARGV;
12 :     }
13 : dejongh 1.4 elsif ($arg =~ /^-dont_copy/)
14 :     {
15 :     $dont_copy = 1;
16 :     }
17 : olson 1.2 else
18 :     {
19 :     die "Unknown option $arg\n";
20 :     }
21 :     }
22 : olson 1.1
23 :     my ($genome_id) = @ARGV;
24 :    
25 : dejongh 1.4 if (scalar @ARGV != 1)
26 : olson 1.1 {
27 : dejongh 1.4 print "usage: compare_scenarios [-dont_copy] genome-id";
28 : olson 1.1 exit -1;
29 :     }
30 :    
31 : olson 1.2 if ($orgdir)
32 :     {
33 :     my $fig = new FIGV($orgdir);
34 :     model::set_fig($fig);
35 :     }
36 :    
37 : dejongh 1.4 my $supersets = model::compare_supersets($genome_id, $dont_copy);

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