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revision 1.5, Mon Apr 18 20:08:15 2005 UTC revision 1.5.2.1, Tue Jul 12 15:39:01 2005 UTC
# Line 6  Line 6 
6  use File::Path;  use File::Path;
7  use File::Basename;  use File::Basename;
8    
9  $usage = "usage: check_sims_basic [-delint_dir=Dir] [-logfile=log] NR [ < sims | - | SimsDir | Sims1 Sims2 Sims3 ...] > checked.sims [2> errors (recommended if a logfile isn't specified)]";  $usage = "usage: check_sims_basic [-delint_dir=Dir] [-logfile=log] [-synonyms=peg_synonyms_file] NR [ < sims | - | SimsDir | Sims1 Sims2 Sims3 ...] > checked.sims [2> errors (recommended if a logfile isn't specified)]";
10    
11  $outdir  = "";  $outdir  = "";
12  $logfile = "";  $logfile = "";
13    $synfile = "";
14  $trouble = 0;  $trouble = 0;
15  for ($i=0; $i < @ARGV; )  for ($i=0; $i < @ARGV; )
16  {  {
# Line 29  Line 30 
30      {      {
31          $logfile = $1;          $logfile = $1;
32          splice @ARGV, $i, 1;          splice @ARGV, $i, 1;
33          open($logfh, ">$logfile") || die "Could not open $logfile";          open($logfh, ">$logfile") || die "Could not write-open $logfile";
34        }
35        elsif ($ARGV[$i] =~ m/-synonyms=(\S+)/)
36        {
37            $synfile = $1;
38            splice @ARGV, $i, 1;
39            if (-s $synfile)
40            {
41                open(TMP, "<$synfile") || die "Could not read-open $synfile";
42                while (defined($entry = <TMP>))
43                {
44                    chomp $entry;
45                    $entry =~ m/^([^,]+),\d+(\S+)$/o;
46                    ($major_syn, $syns) = ($1, $2);
47                    @syns = map { m/^([^,]+)/; $1 } split /;/, $syns;
48                    foreach $syn (@syns) { $major{$syn} = $major; }
49                }
50                close(TMP) || die "Could not close $synfile";
51            }
52      }      }
53      elsif (-s $ARGV[$i]) {      elsif (-s $ARGV[$i]) {
54          ++$i;          ++$i;
# Line 107  Line 126 
126      while (defined($sim = <SIMFILE>))      while (defined($sim = <SIMFILE>))
127      {      {
128          chomp $sim;          chomp $sim;
129            $sim =~ s/\t\t/\t/go;
130    
131          if ($sim =~ m/^(\S+)\t(\S+)\t(\d+|\d+\.\d+)\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t(\d+(\.\d*)?e[-+]?\d+|\d+\.\d+)\t(\d\.\d*e[-+]?\d+|\d+\.\d+|\d+)\t(\d+)\t(\d+)/o)          if ($sim =~ m/^(\S+)\t(\S+)\t(\d+|\d+\.\d+)\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t(\d+(\.\d*)?e[-+]?\d+|\d+\.\d+)\t(\d\.\d*e[-+]?\d+|\d+\.\d+|\d+)\t(\d+)\t(\d+)/o)
132          {          {
# Line 126  Line 146 
146                  }                  }
147                  else                  else
148                  {                  {
149                        if ($synfile)
150                        {
151                            if ($major{$id1})
152                            {
153                                print $logfh "synref1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
154                            }
155                            else
156                            {
157                      print $logfh "undef1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";                      print $logfh "undef1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
158                  }                  }
159                        }
160                        else
161                        {
162                            print $logfh "undef1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
163                        }
164                    }
165    
166                  if ($ln{$id2})                  if ($ln{$id2})
167                  {                  {
# Line 135  Line 169 
169                  }                  }
170                  else                  else
171                  {                  {
172                        if ($synfile)
173                        {
174                            if ($major{$id2})
175                            {
176                                print $logfh "synref2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
177                            }
178                            else
179                            {
180                      print $logfh "undef2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";                      print $logfh "undef2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
181                  }                  }
182              }              }
183                        else
184                        {
185                            print $logfh "undef2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
186                        }
187                    }
188                }
189          }          }
190          else          else
191          {          {

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.5.2.1

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