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1 : overbeek 1.2 # -*- perl -*-
2 : overbeek 1.1
3 : overbeek 1.2 $SIG{HUP} = 'ignore';
4 :    
5 : overbeek 1.5 use FIG;
6 : overbeek 1.2 use File::Path;
7 :     use File::Basename;
8 :    
9 : olson 1.5.2.1 $usage = "usage: check_sims_basic [-delint_dir=Dir] [-logfile=log] [-synonyms=peg_synonyms_file] NR [ < sims | - | SimsDir | Sims1 Sims2 Sims3 ...] > checked.sims [2> errors (recommended if a logfile isn't specified)]";
10 : overbeek 1.2
11 :     $outdir = "";
12 : overbeek 1.5 $logfile = "";
13 : olson 1.5.2.1 $synfile = "";
14 : overbeek 1.2 $trouble = 0;
15 :     for ($i=0; $i < @ARGV; )
16 :     {
17 :     if ($ARGV[$i] =~ m/-delint_dir=(\S+)/)
18 :     {
19 :     $outdir = $1;
20 :     splice @ARGV, $i, 1;
21 :     if (-d $outdir)
22 :     {
23 :     $trouble = 1;
24 :     warn "$outdir exists";
25 :     } else {
26 :     mkpath($outdir, 0, 0777) || die "Could not create $outdir";
27 :     }
28 :     }
29 :     elsif ($ARGV[$i] =~ m/-logfile=(\S+)/)
30 :     {
31 :     $logfile = $1;
32 :     splice @ARGV, $i, 1;
33 : olson 1.5.2.1 open($logfh, ">$logfile") || die "Could not write-open $logfile";
34 :     }
35 :     elsif ($ARGV[$i] =~ m/-synonyms=(\S+)/)
36 :     {
37 :     $synfile = $1;
38 :     splice @ARGV, $i, 1;
39 :     if (-s $synfile)
40 :     {
41 :     open(TMP, "<$synfile") || die "Could not read-open $synfile";
42 :     while (defined($entry = <TMP>))
43 :     {
44 :     chomp $entry;
45 :     $entry =~ m/^([^,]+),\d+(\S+)$/o;
46 :     ($major_syn, $syns) = ($1, $2);
47 :     @syns = map { m/^([^,]+)/; $1 } split /;/, $syns;
48 :     foreach $syn (@syns) { $major{$syn} = $major; }
49 :     }
50 :     close(TMP) || die "Could not close $synfile";
51 :     }
52 : overbeek 1.2 }
53 :     elsif (-s $ARGV[$i]) {
54 :     ++$i;
55 :     }
56 :     else {
57 : overbeek 1.4 $trouble = 1;
58 :     print STDERR "Invalid arg $ARGV[$i]\n";
59 : overbeek 1.2 ++$i;
60 :     }
61 :     }
62 : overbeek 1.4 die "aborting due to invalid args" if ($trouble);
63 : overbeek 1.2
64 :     (($nr = shift @ARGV) && (-s $nr))
65 : overbeek 1.1 || die $usage;
66 :    
67 : overbeek 1.4 if (@ARGV == 0)
68 :     {
69 :     if (-t STDIN)
70 :     {
71 :     push @ARGV, '-';
72 :     }
73 :     else
74 :     {
75 :     print STDERR "No arguments given --- checking $FIG_Config::data/Sims by default\n";
76 :     push @ARGV, "$FIG_Config::data/Sims";
77 :     }
78 :     }
79 :    
80 : overbeek 1.2 if ((@ARGV == 1) && (-d $ARGV[0]))
81 :     {
82 :     $sims_dir = shift @ARGV;
83 :     opendir(SIMS, $sims_dir) || die "Could not open $sims_dir";
84 :     @ARGV = grep !/^\./, readdir(SIMS);
85 :     @ARGV = map { $_ = "$sims_dir/$_" } @ARGV;
86 :     closedir(SIMS) || die "Could not close $sims_dir";
87 :     }
88 :    
89 :     $trouble = 0;
90 :     foreach $file (@ARGV)
91 :     {
92 :     next if ($file eq '-');
93 :     if (!-e $file) { print STDERR "Simfile $file does not exist"; $trouble = 1; }
94 :     }
95 :     die "There were nonexistent input files" if $trouble;
96 :    
97 : overbeek 1.5 unless ($logfile) { $logfh = \*STDERR; }
98 :     unless ($outdir) { $outfh = \*STDOUT; }
99 : overbeek 1.4
100 : overbeek 1.5 opendir(ORGS, "$FIG_Config::organisms") || die "Could not open dir $FIG_Config::organisms";
101 :     @env = grep s{^(9999999\.\d+)}{$FIG_Config::organisms/$1/Features/peg/fasta}, readdir(ORGS);
102 :     closedir(ORGS) || die "Could not close dir $FIG_Config::organisms";
103 : overbeek 1.1
104 : overbeek 1.5 foreach $file ($nr, @env)
105 : overbeek 1.1 {
106 : overbeek 1.5 open(TMP, "<$file") || die "Could not read-open $file";
107 :     print STDERR "Loading lengths from $file ...\n" if $ENV{FIG_VERBOSE};
108 :     while (($id, $seqP) = &FIG::read_fasta_record(\*TMP))
109 : overbeek 1.1 {
110 : overbeek 1.5 $ln{$id} = length($$seqP);
111 : overbeek 1.1 }
112 :     }
113 :    
114 : overbeek 1.2
115 : overbeek 1.4 foreach $simfile (@ARGV)
116 : overbeek 1.1 {
117 : overbeek 1.4 print STDERR "Processing $simfile\n" if $ENV{FIG_VERBOSE};
118 :    
119 :     open(SIMFILE, "<$simfile") || die "Could not open $simfile";
120 : overbeek 1.5 if ($outdir)
121 :     {
122 :     $outfile = "$outdir/" . basename($simfile);
123 :     open($outfh, ">$outfile") || die "could not write-open $outfile";
124 :     }
125 :    
126 : overbeek 1.4 while (defined($sim = <SIMFILE>))
127 : overbeek 1.1 {
128 : overbeek 1.4 chomp $sim;
129 : olson 1.5.2.1 $sim =~ s/\t\t/\t/go;
130 : overbeek 1.1
131 : overbeek 1.5 if ($sim =~ m/^(\S+)\t(\S+)\t(\d+|\d+\.\d+)\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t\d+\t(\d+(\.\d*)?e[-+]?\d+|\d+\.\d+)\t(\d\.\d*e[-+]?\d+|\d+\.\d+|\d+)\t(\d+)\t(\d+)/o)
132 : overbeek 1.1 {
133 : overbeek 1.5 # die "$1, $2, $3, $4, $5, $6, $7, $8, $9\n";
134 :     ($id1, $id2, $ln1, $ln2) = ($1, $2, $7, $8);
135 :     # die "$id1, $id2, $ln1, $ln2";
136 : overbeek 1.1
137 : overbeek 1.4 if ($ln{$id1} && $ln{$id2} && ($ln{$id1} == $ln1) && ($ln{$id2} == $ln2))
138 : overbeek 1.1 {
139 : overbeek 1.4 print $outfh "$sim\n"; #...print valid sims to OUTPUT
140 : overbeek 1.1 }
141 :     else
142 :     {
143 : overbeek 1.4 if ($ln{$id1})
144 :     {
145 : overbeek 1.5 if ($ln{$id1} != $ln1) { print $logfh "badlen1\t$simfile, $.:\t$id1\t$ln{$id1}\t$ln1\t$sim\n"; }
146 : overbeek 1.4 }
147 :     else
148 :     {
149 : olson 1.5.2.1 if ($synfile)
150 :     {
151 :     if ($major{$id1})
152 :     {
153 :     print $logfh "synref1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
154 :     }
155 :     else
156 :     {
157 :     print $logfh "undef1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
158 :     }
159 :     }
160 :     else
161 :     {
162 :     print $logfh "undef1\t$simfile, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
163 :     }
164 : overbeek 1.4 }
165 :    
166 :     if ($ln{$id2})
167 :     {
168 : overbeek 1.5 if ($ln{$id2} != $ln2) { print $logfh "badlen2\t$simfile, $.:\t$id2\t$ln{$id2}\t$ln2\t$sim\n"; }
169 : overbeek 1.4 }
170 :     else
171 :     {
172 : olson 1.5.2.1 if ($synfile)
173 :     {
174 :     if ($major{$id2})
175 :     {
176 :     print $logfh "synref2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
177 :     }
178 :     else
179 :     {
180 :     print $logfh "undef2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
181 :     }
182 :     }
183 :     else
184 :     {
185 :     print $logfh "undef2\t$simfile, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
186 :     }
187 : overbeek 1.4 }
188 : overbeek 1.1 }
189 :     }
190 : overbeek 1.4 else
191 : overbeek 1.2 {
192 : overbeek 1.5 print $logfh "INVALID FORMAT\t$simfile, $.:\t$sim\n";
193 : overbeek 1.2 }
194 : overbeek 1.1 }
195 :     }

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