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Revision 1.4 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.2 # -*- perl -*-
2 : overbeek 1.1
3 : overbeek 1.2 $SIG{HUP} = 'ignore';
4 :    
5 :     use File::Path;
6 :     use File::Basename;
7 :    
8 : overbeek 1.4 $usage = "usage: check_sims_basic [-delint_dir=Dir] [-logfile=log] NR [ < sims | - | SimsDir | Sims1 Sims2 Sims3 ...] > checked.sims [2> errors (recommended if a logfile isn't specified)]";
9 : overbeek 1.2
10 :     $outdir = "";
11 :     $logfh = \*STDERR;
12 :     $trouble = 0;
13 :     for ($i=0; $i < @ARGV; )
14 :     {
15 :     if ($ARGV[$i] =~ m/-delint_dir=(\S+)/)
16 :     {
17 :     $outdir = $1;
18 :     splice @ARGV, $i, 1;
19 :     if (-d $outdir)
20 :     {
21 :     $trouble = 1;
22 :     warn "$outdir exists";
23 :     } else {
24 :     mkpath($outdir, 0, 0777) || die "Could not create $outdir";
25 :     }
26 :     }
27 :     elsif ($ARGV[$i] =~ m/-logfile=(\S+)/)
28 :     {
29 :     $logfile = $1;
30 :     splice @ARGV, $i, 1;
31 :     open(LOG, ">$logfile") || die "Could not open $logfile";
32 :     $logfh = \*LOG;
33 :     }
34 :     elsif (-s $ARGV[$i]) {
35 :     ++$i;
36 :     }
37 :     else {
38 : overbeek 1.4 $trouble = 1;
39 :     print STDERR "Invalid arg $ARGV[$i]\n";
40 : overbeek 1.2 ++$i;
41 :     }
42 :     }
43 : overbeek 1.4 die "aborting due to invalid args" if ($trouble);
44 : overbeek 1.2
45 :     (($nr = shift @ARGV) && (-s $nr))
46 : overbeek 1.1 || die $usage;
47 :    
48 : overbeek 1.4 if (@ARGV == 0)
49 :     {
50 :     if (-t STDIN)
51 :     {
52 :     push @ARGV, '-';
53 :     }
54 :     else
55 :     {
56 :     print STDERR "No arguments given --- checking $FIG_Config::data/Sims by default\n";
57 :     push @ARGV, "$FIG_Config::data/Sims";
58 :     }
59 :     }
60 :    
61 : overbeek 1.2 if ((@ARGV == 1) && (-d $ARGV[0]))
62 :     {
63 :     $sims_dir = shift @ARGV;
64 :     opendir(SIMS, $sims_dir) || die "Could not open $sims_dir";
65 :     @ARGV = grep !/^\./, readdir(SIMS);
66 :     @ARGV = map { $_ = "$sims_dir/$_" } @ARGV;
67 :     closedir(SIMS) || die "Could not close $sims_dir";
68 :     }
69 :    
70 :     $trouble = 0;
71 :     foreach $file (@ARGV)
72 :     {
73 :     next if ($file eq '-');
74 :     if (!-e $file) { print STDERR "Simfile $file does not exist"; $trouble = 1; }
75 :     }
76 :     die "There were nonexistent input files" if $trouble;
77 :    
78 : overbeek 1.4
79 : overbeek 1.1
80 :     $/ = "\n>";
81 : overbeek 1.4 open(NR,"<$nr") || die $usage;
82 :     print STDERR "Loading lengths from $nr ...\n" if $ENV{FIG_VERBOSE};
83 :     while (defined($entry = <NR>))
84 : overbeek 1.1 {
85 : overbeek 1.4 chomp $entry;
86 :     if ($entry =~ /^>?(\S+)[^\n]*\n(.*)/s)
87 : overbeek 1.1 {
88 :     $id = $1;
89 :     $seq = $2;
90 :     $seq =~ s/\s//gs;
91 :     $ln{$id} = length($seq);
92 :     }
93 :     }
94 :     $/ = "\n";
95 :     close(NR);
96 :    
97 : overbeek 1.2 if ($outdir)
98 :     {
99 :     $file = "$outdir/" . basename($ARGV[0]);
100 :     open(OUTPUT, ">$file") || die "could not write-open $file";
101 :     print STDERR "Opening $file" if $ENV{FIG_VERBOSE};
102 :     $outfh = \*OUTPUT;
103 :     }
104 :     else
105 :     {
106 :     $outfh = \*STDOUT;
107 :     }
108 :    
109 : overbeek 1.4 foreach $simfile (@ARGV)
110 : overbeek 1.1 {
111 : overbeek 1.4 print STDERR "Processing $simfile\n" if $ENV{FIG_VERBOSE};
112 :    
113 :     open(SIMFILE, "<$simfile") || die "Could not open $simfile";
114 :     while (defined($sim = <SIMFILE>))
115 : overbeek 1.1 {
116 : overbeek 1.4 chomp $sim;
117 : overbeek 1.1
118 : overbeek 1.4 if ($sim =~ m/^\S+\t\S+\t(\d+|\d+\.\d+)(\t\d+){7}\t(\d+(\.\d*)?e[-+]?\d+|\d+\.\d+)\t(\d\.\d*e[-+]?\d+|\d+\.\d+|\d+)/)
119 : overbeek 1.1 {
120 : overbeek 1.4 # print STDERR "$1\t$2\t$3\t$4\t$5\t$6\n";
121 :     ($id1,$id2,$iden,$ali_ln,$mis,$gaps,$b1,$e1,$b2,$e2,$psc,$bsc,$ln1,$ln2) =
122 :     split(/\t/,$sim);
123 : overbeek 1.1
124 : overbeek 1.4 if ($ln{$id1} && $ln{$id2} && ($ln{$id1} == $ln1) && ($ln{$id2} == $ln2))
125 : overbeek 1.1 {
126 : overbeek 1.4 print $outfh "$sim\n"; #...print valid sims to OUTPUT
127 : overbeek 1.1 }
128 :     else
129 :     {
130 : overbeek 1.4 if ($ln{$id1})
131 :     {
132 :     if ($ln{$id1} != $ln1) { print $logfh "badlen1\t$ARGV, $.:\t$id1\t$ln{$id1}\t$ln1\t$sim\n"; }
133 :     }
134 :     else
135 :     {
136 :     print $logfh "undef1\t$ARGV, $.:\t$id1\t\t\t$sim\n";
137 :     }
138 :    
139 :     if ($ln{$id2})
140 :     {
141 :     if ($ln{$id2} != $ln2) { print $logfh "badlen2\t$ARGV, $.:\t$id2\t$ln{$id2}\t$ln2\t$sim\n"; }
142 :     }
143 :     else
144 :     {
145 :     print $logfh "undef2\t$ARGV, $.:\t$id2\t\t\t$sim\n";
146 :     }
147 : overbeek 1.1 }
148 :     }
149 : overbeek 1.4 else
150 : overbeek 1.2 {
151 : overbeek 1.4 print $logfh "INVALID FORMAT\t$ARGV, $.:\t$sim\n";
152 : overbeek 1.2 }
153 : overbeek 1.1 }
154 :     }

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