[Bio] / FigKernelScripts / check_model.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/check_model.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Fri Jul 27 18:53:31 2007 UTC revision 1.6, Tue Feb 5 02:27:15 2008 UTC
# Line 54  Line 54 
54  close(INPUTS);  close(INPUTS);
55    
56  #ATP Snythase HACK, lets add ATP as a input  #ATP Snythase HACK, lets add ATP as a input
57    
58    #cofactors just used for testing connectivity, not actually provided to model
59  $input_cpds{"C00002"} = 1;  $input_cpds{"C00002"} = 1;
60    $input_cpds{"C00028"} = 1;
61    $input_cpds{"C00030"} = 1;
62    $input_cpds{"C00035"} = 1;
63    $input_cpds{"C00040"} = 1;
64    $input_cpds{"C00044"} = 1;
65    $input_cpds{"C00126"} = 1;
66    $input_cpds{"C00138"} = 1;
67    $input_cpds{"C00139"} = 1;
68    $input_cpds{"C00239"} = 1;
69    $input_cpds{"C00342"} = 1;
70    $input_cpds{"C00343"} = 1;
71    $input_cpds{"C00361"} = 1;
72    $input_cpds{"C01070"} = 1;
73    
74    
75    #inputs not produced or imported but required for connecting all scenarios
76    =pod
77        $input_cpds{"C00141"} = 1;
78        $input_cpds{"C00099"} = 1;
79        $input_cpds{"C00049"} = 1;
80        $input_cpds{"C00040"} = 1;
81        $input_cpds{"C00054"} = 1;
82        $input_cpds{"C00059"} = 1;
83        $input_cpds{"C00116"} = 1;
84        $input_cpds{"C00163"} = 1;
85        $input_cpds{"C00185"} = 1;
86        $input_cpds{"C00206"} = 1;
87        $input_cpds{"C00208"} = 1;
88        $input_cpds{"C00234"} = 1;
89        $input_cpds{"C00235"} = 1;
90        $input_cpds{"C00239"} = 1;
91        $input_cpds{"C00250"} = 1;
92        $input_cpds{"C00266"} = 1;
93        $input_cpds{"C00281"} = 1;
94        $input_cpds{"C00288"} = 1;
95        $input_cpds{"C00301"} = 1;
96        $input_cpds{"C00314"} = 1;
97        $input_cpds{"C00416"} = 1;
98        $input_cpds{"C00534"} = 1;
99        $input_cpds{"C00670"} = 1;
100        $input_cpds{"C00672"} = 1;
101        $input_cpds{"C00794"} = 1;
102        $input_cpds{"C00898"} = 1;
103        $input_cpds{"C00988"} = 1;
104        $input_cpds{"C01070"} = 1;
105        $input_cpds{"C01096"} = 1;
106        $input_cpds{"C01137"} = 1;
107        $input_cpds{"C01157"} = 1;
108        $input_cpds{"C01233"} = 1;
109        $input_cpds{"C02191"} = 1;
110        $input_cpds{"C02232"} = 1;
111        $input_cpds{"C02315"} = 1;
112        $input_cpds{"C02336"} = 1;
113        $input_cpds{"C02350"} = 1;
114        $input_cpds{"C03150"} = 1;
115        $input_cpds{"C03543"} = 1;
116        $input_cpds{"C04121"} = 1;
117        $input_cpds{"C04146"} = 1;
118        $input_cpds{"C04489"} = 1;
119        $input_cpds{"C04688"} = 1;
120        $input_cpds{"C04824"} = 1;
121        $input_cpds{"C05223"} = 1;
122        $input_cpds{"C05761"} = 1;
123        $input_cpds{"C05898"} = 1;
124        $input_cpds{"C06143"} = 1;
125        $input_cpds{"C06187"} = 1;
126        $input_cpds{"C06188"} = 1;
127        $input_cpds{"C11457"} = 1;
128        $input_cpds{"C14818"} = 1;
129    
130    
131        $input_cpds{"C00002"} = 1;
132        $input_cpds{"C00001"} = 1;
133        $input_cpds{"C00003"} = 1;
134        $input_cpds{"C00007"} = 1;
135        $input_cpds{"C00009"} = 1;
136        $input_cpds{"C00023"} = 1;
137        $input_cpds{"C00024"} = 1;
138        $input_cpds{"C00034"} = 1;
139        $input_cpds{"C00035"} = 1;
140        $input_cpds{"C00044"} = 1;
141        $input_cpds{"C00076"} = 1;
142        $input_cpds{"C00080"} = 1;
143        $input_cpds{"C00082"} = 1;
144        $input_cpds{"C00087"} = 1;
145        $input_cpds{"C00114"} = 1;
146        $input_cpds{"C00115"} = 1;
147        $input_cpds{"C00120"} = 1;
148        $input_cpds{"C00126"} = 1;
149        $input_cpds{"C00138"} = 1;
150        $input_cpds{"C00139"} = 1;
151        $input_cpds{"C00153"} = 1;
152        $input_cpds{"C00229"} = 1;
153        $input_cpds{"C00238"} = 1;
154        $input_cpds{"C00255"} = 1;
155        $input_cpds{"C00283"} = 1;
156        $input_cpds{"C00305"} = 1;
157        $input_cpds{"C00342"} = 1;
158        $input_cpds{"C00343"} = 1;
159        $input_cpds{"C00361"} = 1;
160        $input_cpds{"C00378"} = 1;
161        $input_cpds{"C00504"} = 1;
162        $input_cpds{"C00568"} = 1;
163        $input_cpds{"C00864"} = 1;
164        $input_cpds{"C05776"} = 1;
165    
166        $input_cpds{"C00141"} = 1;
167        $input_cpds{"C00099"} = 1;
168        $input_cpds{"C00049"} = 1;
169        $input_cpds{"C00040"} = 1;
170        $input_cpds{"C00054"} = 1;
171        $input_cpds{"C00059"} = 1;
172        $input_cpds{"C00116"} = 1;
173        $input_cpds{"C00163"} = 1;
174        $input_cpds{"C00185"} = 1;
175        $input_cpds{"C00206"} = 1;
176        $input_cpds{"C00208"} = 1;
177        $input_cpds{"C00234"} = 1;
178        $input_cpds{"C00235"} = 1;
179        $input_cpds{"C00239"} = 1;
180        $input_cpds{"C00250"} = 1;
181        $input_cpds{"C00266"} = 1;
182        $input_cpds{"C00281"} = 1;
183        $input_cpds{"C00288"} = 1;
184        $input_cpds{"C00301"} = 1;
185        $input_cpds{"C00314"} = 1;
186        $input_cpds{"C00416"} = 1;
187        $input_cpds{"C00534"} = 1;
188        $input_cpds{"C00670"} = 1;
189        $input_cpds{"C00672"} = 1;
190        $input_cpds{"C00794"} = 1;
191        $input_cpds{"C00898"} = 1;
192        $input_cpds{"C00988"} = 1;
193        $input_cpds{"C01070"} = 1;
194        $input_cpds{"C01096"} = 1;
195        $input_cpds{"C01137"} = 1;
196        $input_cpds{"C01157"} = 1;
197        $input_cpds{"C01233"} = 1;
198        $input_cpds{"C02191"} = 1;
199        $input_cpds{"C02232"} = 1;
200        $input_cpds{"C02315"} = 1;
201        $input_cpds{"C02336"} = 1;
202        $input_cpds{"C02350"} = 1;
203        $input_cpds{"C03150"} = 1;
204        $input_cpds{"C03543"} = 1;
205        $input_cpds{"C04121"} = 1;
206        $input_cpds{"C04146"} = 1;
207        $input_cpds{"C04489"} = 1;
208        $input_cpds{"C04688"} = 1;
209        $input_cpds{"C04824"} = 1;
210        $input_cpds{"C05223"} = 1;
211        $input_cpds{"C05761"} = 1;
212        $input_cpds{"C05898"} = 1;
213        $input_cpds{"C06143"} = 1;
214        $input_cpds{"C06187"} = 1;
215        $input_cpds{"C06188"} = 1;
216        $input_cpds{"C11457"} = 1;
217        $input_cpds{"C14818"} = 1;
218    
219    =cut
220    
221  my %cofactor_cpds;  my %cofactor_cpds;
222  open(INPUTCO,$filebase."secondary_compounds.txt")  open(INPUTCO,$filebase."secondary_compounds.txt")

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.6

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3