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revision 1.4, Fri Jul 27 18:53:31 2007 UTC revision 1.5, Sat Sep 29 15:41:15 2007 UTC
# Line 54  Line 54 
54  close(INPUTS);  close(INPUTS);
55    
56  #ATP Snythase HACK, lets add ATP as a input  #ATP Snythase HACK, lets add ATP as a input
57    
58    #cofactors just used for testing connectivity, not actually provided to model
59  $input_cpds{"C00002"} = 1;  $input_cpds{"C00002"} = 1;
60    $input_cpds{"C00028"} = 1;
61    $input_cpds{"C00030"} = 1;
62    $input_cpds{"C00035"} = 1;
63    $input_cpds{"C00040"} = 1;
64    $input_cpds{"C00044"} = 1;
65    $input_cpds{"C00126"} = 1;
66    $input_cpds{"C00138"} = 1;
67    $input_cpds{"C00139"} = 1;
68    $input_cpds{"C00239"} = 1;
69    $input_cpds{"C00342"} = 1;
70    $input_cpds{"C00343"} = 1;
71    $input_cpds{"C00361"} = 1;
72    $input_cpds{"C01070"} = 1;
73    
74    
75    #inputs not produced or imported but required for connecting all scenarios
76    =pod
77    $input_cpds{"C00141"} = 1;
78    $input_cpds{"C00099"} = 1;
79    $input_cpds{"C00049"} = 1;
80    $input_cpds{"C00040"} = 1;
81    $input_cpds{"C00054"} = 1;
82    $input_cpds{"C00059"} = 1;
83    $input_cpds{"C00116"} = 1;
84    $input_cpds{"C00163"} = 1;
85    $input_cpds{"C00185"} = 1;
86    $input_cpds{"C00206"} = 1;
87    $input_cpds{"C00208"} = 1;
88    $input_cpds{"C00234"} = 1;
89    $input_cpds{"C00235"} = 1;
90    $input_cpds{"C00239"} = 1;
91    $input_cpds{"C00250"} = 1;
92    $input_cpds{"C00266"} = 1;
93    $input_cpds{"C00281"} = 1;
94    $input_cpds{"C00288"} = 1;
95    $input_cpds{"C00301"} = 1;
96    $input_cpds{"C00314"} = 1;
97    $input_cpds{"C00416"} = 1;
98    $input_cpds{"C00534"} = 1;
99    $input_cpds{"C00670"} = 1;
100    $input_cpds{"C00672"} = 1;
101    $input_cpds{"C00794"} = 1;
102    $input_cpds{"C00898"} = 1;
103    $input_cpds{"C00988"} = 1;
104    $input_cpds{"C01070"} = 1;
105    $input_cpds{"C01096"} = 1;
106    $input_cpds{"C01137"} = 1;
107    $input_cpds{"C01157"} = 1;
108    $input_cpds{"C01233"} = 1;
109    $input_cpds{"C02191"} = 1;
110    $input_cpds{"C02232"} = 1;
111    $input_cpds{"C02315"} = 1;
112    $input_cpds{"C02336"} = 1;
113    $input_cpds{"C02350"} = 1;
114    $input_cpds{"C03150"} = 1;
115    $input_cpds{"C03543"} = 1;
116    $input_cpds{"C04121"} = 1;
117    $input_cpds{"C04146"} = 1;
118    $input_cpds{"C04489"} = 1;
119    $input_cpds{"C04688"} = 1;
120    $input_cpds{"C04824"} = 1;
121    $input_cpds{"C05223"} = 1;
122    $input_cpds{"C05761"} = 1;
123    $input_cpds{"C05898"} = 1;
124    $input_cpds{"C06143"} = 1;
125    $input_cpds{"C06187"} = 1;
126    $input_cpds{"C06188"} = 1;
127    $input_cpds{"C11457"} = 1;
128    $input_cpds{"C14818"} = 1;
129    
130    
131    $input_cpds{"C00002"} = 1;
132    $input_cpds{"C00001"} = 1;
133    $input_cpds{"C00003"} = 1;
134    $input_cpds{"C00007"} = 1;
135    $input_cpds{"C00009"} = 1;
136    $input_cpds{"C00023"} = 1;
137    $input_cpds{"C00024"} = 1;
138    $input_cpds{"C00034"} = 1;
139    $input_cpds{"C00035"} = 1;
140    $input_cpds{"C00044"} = 1;
141    $input_cpds{"C00076"} = 1;
142    $input_cpds{"C00080"} = 1;
143    $input_cpds{"C00082"} = 1;
144    $input_cpds{"C00087"} = 1;
145    $input_cpds{"C00114"} = 1;
146    $input_cpds{"C00115"} = 1;
147    $input_cpds{"C00120"} = 1;
148    $input_cpds{"C00126"} = 1;
149    $input_cpds{"C00138"} = 1;
150    $input_cpds{"C00139"} = 1;
151    $input_cpds{"C00153"} = 1;
152    $input_cpds{"C00229"} = 1;
153    $input_cpds{"C00238"} = 1;
154    $input_cpds{"C00255"} = 1;
155    $input_cpds{"C00283"} = 1;
156    $input_cpds{"C00305"} = 1;
157    $input_cpds{"C00342"} = 1;
158    $input_cpds{"C00343"} = 1;
159    $input_cpds{"C00361"} = 1;
160    $input_cpds{"C00378"} = 1;
161    $input_cpds{"C00504"} = 1;
162    $input_cpds{"C00568"} = 1;
163    $input_cpds{"C00864"} = 1;
164    $input_cpds{"C05776"} = 1;
165    
166    $input_cpds{"C00141"} = 1;
167    $input_cpds{"C00099"} = 1;
168    $input_cpds{"C00049"} = 1;
169    $input_cpds{"C00040"} = 1;
170    $input_cpds{"C00054"} = 1;
171    $input_cpds{"C00059"} = 1;
172    $input_cpds{"C00116"} = 1;
173    $input_cpds{"C00163"} = 1;
174    $input_cpds{"C00185"} = 1;
175    $input_cpds{"C00206"} = 1;
176    $input_cpds{"C00208"} = 1;
177    $input_cpds{"C00234"} = 1;
178    $input_cpds{"C00235"} = 1;
179    $input_cpds{"C00239"} = 1;
180    $input_cpds{"C00250"} = 1;
181    $input_cpds{"C00266"} = 1;
182    $input_cpds{"C00281"} = 1;
183    $input_cpds{"C00288"} = 1;
184    $input_cpds{"C00301"} = 1;
185    $input_cpds{"C00314"} = 1;
186    $input_cpds{"C00416"} = 1;
187    $input_cpds{"C00534"} = 1;
188    $input_cpds{"C00670"} = 1;
189    $input_cpds{"C00672"} = 1;
190    $input_cpds{"C00794"} = 1;
191    $input_cpds{"C00898"} = 1;
192    $input_cpds{"C00988"} = 1;
193    $input_cpds{"C01070"} = 1;
194    $input_cpds{"C01096"} = 1;
195    $input_cpds{"C01137"} = 1;
196    $input_cpds{"C01157"} = 1;
197    $input_cpds{"C01233"} = 1;
198    $input_cpds{"C02191"} = 1;
199    $input_cpds{"C02232"} = 1;
200    $input_cpds{"C02315"} = 1;
201    $input_cpds{"C02336"} = 1;
202    $input_cpds{"C02350"} = 1;
203    $input_cpds{"C03150"} = 1;
204    $input_cpds{"C03543"} = 1;
205    $input_cpds{"C04121"} = 1;
206    $input_cpds{"C04146"} = 1;
207    $input_cpds{"C04489"} = 1;
208    $input_cpds{"C04688"} = 1;
209    $input_cpds{"C04824"} = 1;
210    $input_cpds{"C05223"} = 1;
211    $input_cpds{"C05761"} = 1;
212    $input_cpds{"C05898"} = 1;
213    $input_cpds{"C06143"} = 1;
214    $input_cpds{"C06187"} = 1;
215    $input_cpds{"C06188"} = 1;
216    $input_cpds{"C11457"} = 1;
217    $input_cpds{"C14818"} = 1;
218    
219    =cut
220    
221  my %cofactor_cpds;  my %cofactor_cpds;
222  open(INPUTCO,$filebase."secondary_compounds.txt")  open(INPUTCO,$filebase."secondary_compounds.txt")

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.5

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