[Bio] / FigKernelScripts / build_initial_objects_for_start_predictions.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/build_initial_objects_for_start_predictions.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Sun Jul 24 15:54:40 2005 UTC revision 1.5, Thu Jul 28 17:45:37 2005 UTC
# Line 7  Line 7 
7  @pegs = <STDIN>;  @pegs = <STDIN>;
8  chomp @pegs;  chomp @pegs;
9  # print "NPEGS=", scalar(@pegs), "\n";  # print "NPEGS=", scalar(@pegs), "\n";
 for ($i=0; $i < @pegs; $i++)  # strip off all but peg ids at front  
 {  
     if ($pegs[$i] =~ /(\S+)\t.*/)  
     {  
         $pegs[$i] = $1;  
     }  
 }  
10    
11  foreach $peg (@pegs)  foreach $peg (@pegs)
12  {  {
13        if ($peg =~ /^fig\|\d+\.\d+$/)
14        {
15      $genome = $fig->genome_of($peg);      $genome = $fig->genome_of($peg);
16      $loc = $fig->feature_location($peg);      $loc = $fig->feature_location($peg);
17      # print "$len{$peg}\t$peg\t$loc\n";      # print "$len{$peg}\t$peg\t$loc\n";
# Line 25  Line 20 
20          print STDERR "skipping $peg - do not handle complex locs\n";          print STDERR "skipping $peg - do not handle complex locs\n";
21          next;          next;
22      }      }
23        }
24        elsif ($peg =~ /^(new\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+)\t(\S+)/)
25        {
26            $peg = $1;
27            $genome = $2;
28            $loc = $3;
29    
30        }
31    
32        ($genome && $loc) || confess $peg;
33    
34      my $lnC = $fig->contig_ln($genome,$contig);      my $lnC = $fig->contig_ln($genome,$contig);
35      ($contig,$begin,$end) = $fig->boundaries_of($loc);      ($contig,$begin,$end) = $fig->boundaries_of($loc);
# Line 47  Line 52 
52    
53      $loc = join("_",($contig,$begin,$end));      $loc = join("_",($contig,$begin,$end));
54      $seq = uc $fig->dna_seq($genome,$loc);      $seq = uc $fig->dna_seq($genome,$loc);
55    
56      if (! $seq)      if (! $seq)
57      {      {
58          print STDERR &Dumper($peg,$loc,$seq); die "could not get sequence for $peg";          print STDERR &Dumper($peg,$loc,$seq); die "could not get sequence for $peg";
# Line 81  Line 87 
87              if (($i-27) > 0)              if (($i-27) > 0)
88              {              {
89                  $pre_orf = substr($pre_peg,$i-27,30);                  $pre_orf = substr($pre_peg,$i-27,30);
90                  my $gs = $fig->org_of($peg);                  my $gs = $fig->genus_species($genome);
91                  my @aliases = grep { $_ =~ /^([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(uni\|)|(sp\|)/ } $fig->feature_aliases($peg);                  my @aliases = ();
92                    if ($peg =~ /^fig/)
93                    {
94                        @aliases = grep { $_ =~ /^([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(uni\|)|(sp\|)/ } $fig->feature_aliases($peg);
95                    }
96    
97                  print "ID=$peg\n";                  print "ID=$peg\n";
98                  print "GENOME=$gs\n";                  print "GENOME=$gs\n";
99                  if (@aliases > 0)                  if (@aliases > 0)
# Line 90  Line 101 
101                      print "ALIASES=",join(",",@aliases),"\n";                      print "ALIASES=",join(",",@aliases),"\n";
102                  }                  }
103                  print "CONTIG=$contig\n";                  print "CONTIG=$contig\n";
104                  #####print "BEGIN=$begin\n";  
105                  if ($begin < $end)                  if ($begin < $end)
106                  {                  {
107                      print "BEGIN=", $begin-($len_pre_peg-$i-3), "\n";                      print "BEGIN=", $begin-($len_pre_peg-$i-3), "\n";

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.5

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3