[Bio] / FigKernelScripts / build_initial_objects_for_start_predictions.pl Repository:
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Revision 1.5 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1
2 :     use FIG;
3 :     my $fig = new FIG;
4 :    
5 :     $usage = "usage: build_initial_objects_for_start_predictions < pegs_in_cluster > initial_objects";
6 :    
7 :     @pegs = <STDIN>;
8 :     chomp @pegs;
9 :     # print "NPEGS=", scalar(@pegs), "\n";
10 : overbeek 1.5
11 :     foreach $peg (@pegs)
12 : overbeek 1.1 {
13 : overbeek 1.5 if ($peg =~ /^fig\|\d+\.\d+$/)
14 : overbeek 1.1 {
15 : overbeek 1.5 $genome = $fig->genome_of($peg);
16 :     $loc = $fig->feature_location($peg);
17 :     # print "$len{$peg}\t$peg\t$loc\n";
18 :     if ($loc =~ /,/)
19 :     {
20 :     print STDERR "skipping $peg - do not handle complex locs\n";
21 :     next;
22 :     }
23 : overbeek 1.1 }
24 : overbeek 1.5 elsif ($peg =~ /^(new\|(\d+\.\d+)\.peg\.\d+)\t(\S+)/)
25 :     {
26 :     $peg = $1;
27 :     $genome = $2;
28 :     $loc = $3;
29 : overbeek 1.1
30 :     }
31 :    
32 : overbeek 1.5 ($genome && $loc) || confess $peg;
33 :    
34 : overbeek 1.4 my $lnC = $fig->contig_ln($genome,$contig);
35 : overbeek 1.1 ($contig,$begin,$end) = $fig->boundaries_of($loc);
36 :     if ($begin < $end)
37 :     {
38 :     $l = sprintf("%s_%d_%d",$contig,1,$begin-1);
39 : overbeek 1.4 if ($end < ($lnC-3))
40 :     {
41 :     $end += 3;
42 :     }
43 : overbeek 1.1 }
44 :     else
45 :     {
46 :     $l = sprintf("%s_%d_%d",$contig,$begin+1,$fig->contig_ln($genome,$contig));
47 : overbeek 1.4 if ($end > 3)
48 :     {
49 :     $end -= 3;
50 :     }
51 : overbeek 1.1 }
52 :    
53 :     $loc = join("_",($contig,$begin,$end));
54 :     $seq = uc $fig->dna_seq($genome,$loc);
55 : overbeek 1.5
56 : overbeek 1.3 if (! $seq)
57 :     {
58 :     print STDERR &Dumper($peg,$loc,$seq); die "could not get sequence for $peg";
59 :     }
60 :    
61 : overbeek 1.1 # The following hack handles uncertainty about whether SEED gives back the STOP or not
62 :     if (substr($seq,-6,3) =~ /TAA|TAG|TGA/i)
63 :     {
64 : overbeek 1.2 $end = ($begin < $end) ? $end-3 : $end+3;
65 : overbeek 1.1 $seq = substr($seq,0,length($seq) - 3);
66 :     }
67 :     elsif (substr($seq,-3,3) !~ /TAA|TAG|TGA/i)
68 :     {
69 : overbeek 1.4 warn "BAD STOP: $peg $genome $loc $seq\n";
70 : overbeek 1.1 }
71 :    
72 : overbeek 1.2 $loc = join("_",($contig,$begin,$end));
73 : overbeek 1.1
74 :    
75 :     # BACK INTO THE STOP FROM START OF PEG
76 :     $pre_peg = uc $fig->dna_seq($genome,$l);
77 :     $found = 0;
78 :     $len_pre_peg = length($pre_peg);
79 :    
80 :     for ($i=$len_pre_peg-3; $i > 0 && ! $found; $i-=3)
81 :     {
82 :     $stop = substr($pre_peg,$i,3);
83 :     if ($stop eq "TAG" || $stop eq "TAA" || $stop eq "TGA")
84 :     {
85 :     # print "FOUND $stop for $l\n";
86 :     $orf = substr($pre_peg,$i+3) . $seq;
87 :     if (($i-27) > 0)
88 :     {
89 :     $pre_orf = substr($pre_peg,$i-27,30);
90 : overbeek 1.5 my $gs = $fig->genus_species($genome);
91 :     my @aliases = ();
92 :     if ($peg =~ /^fig/)
93 :     {
94 :     @aliases = grep { $_ =~ /^([NXYZA]P_[0-9\.]+)|(uni\|)|(sp\|)/ } $fig->feature_aliases($peg);
95 :     }
96 :    
97 : overbeek 1.1 print "ID=$peg\n";
98 :     print "GENOME=$gs\n";
99 :     if (@aliases > 0)
100 :     {
101 :     print "ALIASES=",join(",",@aliases),"\n";
102 :     }
103 :     print "CONTIG=$contig\n";
104 : overbeek 1.5
105 : overbeek 1.1 if ($begin < $end)
106 :     {
107 :     print "BEGIN=", $begin-($len_pre_peg-$i-3), "\n";
108 :     }
109 :     else
110 :     {
111 :     print "BEGIN=", $begin+($len_pre_peg-$i-3), "\n";
112 :     }
113 :     print "END=$end\n";
114 :     print "SEQ=$orf\n";
115 :     print "PREFIX=$pre_orf\n";
116 :     print "OLD_START_POS=", $len_pre_peg-$i-2, "\n";
117 :     print "///\n";
118 :     $found = 1;
119 :     }
120 :     else
121 :     {
122 :     print STDERR "skipping $peg - not enough prefix before orf\n";
123 :     }
124 :     last;
125 :     }
126 :     }
127 :     if ( ! $found)
128 :     {
129 :     print STDERR "DID NOT FIND STOP BEFORE $peg $contig $begin $end $l\n";
130 :     }
131 :     }

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