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1 : efrank 1.1 # -*- perl -*-
2 :    
3 :     ###########################################
4 :     use Carp;
5 :     use Data::Dumper;
6 :     use FIG_Config;
7 :    
8 :     # -*- perl -*-
9 :    
10 :     # usage: blastp_pseq MinGood [Db] < pseq > table_of_hits
11 :    
12 :     (($cutoff = shift @ARGV) && ($db = shift @ARGV))
13 :     || die "usage: blastp_pseq MinGood [Db] < pseq > table_of_hits";
14 :    
15 :     $tmp = "$FIG_Config::temp/tmp$$";
16 :     open(TMP,">$tmp") || die "could not open $tmp";
17 :     while (defined($_ = <STDIN>))
18 :     {
19 :     print TMP $_;
20 :     }
21 :     close(TMP);
22 :    
23 : olson 1.3 $ENV{"BLASTMAT"} = $FIG_Config::blastmat;
24 : efrank 1.1 if (! -s "$db.psq")
25 :     {
26 : olson 1.2 (system("$FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $db -pT") == 0)
27 :     || die "could not run $FIG_Config::ext_bin/formatdb -i $db";
28 : efrank 1.1 }
29 :    
30 :     $done = 0;
31 :     while (! $done)
32 :     {
33 : olson 1.2 if (system("$FIG_Config::ext_bin/blastall -FF -d $db -i $tmp -p blastp > $tmp.out") == 0)
34 : efrank 1.1 {
35 :     @tmp = `tail -15 $tmp.out`;
36 :     if ((($tmp[$#tmp] =~ /bits\)\n/s) || (grep(/No hits found/,@tmp) > 0)) &&
37 :     (system("$FIG_Config::fig/bin/condense_blast $cutoff < $tmp.out > $tmp.out2") == 0) &&
38 :     open(JOB,"<$tmp.out2"))
39 :     {
40 :     while (defined($_ = <JOB>))
41 :     {
42 :     print "blastp,$_";
43 :     }
44 :     close(JOB);
45 :     print "done\n";
46 :     $done = 1;
47 :     }
48 :     }
49 :     }
50 :     unlink("$tmp");
51 :     unlink("$tmp.out");
52 :     unlink("$tmp.out2");

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