[Bio] / FigKernelScripts / assign_to_close_strains.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/assign_to_close_strains.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Fri Apr 29 16:43:29 2005 UTC revision 1.2, Tue May 3 00:09:39 2005 UTC
# Line 40  Line 40 
40          &load_ext_function($fig,$parms,$id,$functions);          &load_ext_function($fig,$parms,$id,$functions);
41      }      }
42    
43      if ($best_function = &pick_function($fig,$parms,$functions))      if ($best_function = &cleanup(&pick_function($fig,$parms,$functions)))
44      {      {
45  #       print STDERR "best_function: $best_function\n";  #       print STDERR "best_function: $best_function\n";
46          foreach $peg (@$pegs)          foreach $peg (@$pegs)
# Line 54  Line 54 
54      }      }
55  }  }
56    
57    sub cleanup {
58        my($func) = @_;
59    
60        if ($func =~ /^hypothetical (\S+ )?protein .*$/i)      { return "hypothetical protein" }
61        if ($func =~ /^[a-zA-Z]{1,2}\d{2,5}( protein)?$/i)     { return "hypothetical protein" }
62    
63        return $func;
64    }
65    
66  sub pick_function {  sub pick_function {
67      my($fig,$parms,$functions) = @_;      my($fig,$parms,$functions) = @_;
68      my($set,$score,$best_source,$poss_function);      my($set,$score,$best_source,$poss_function);
69      my(@scored);      my(@scored);
70    
71      my @partitions = &SameFunc::group_funcs(keys(%$functions));      my @partitions = &SameFunc::group_funcs(keys(%$functions));
72  #   print STDERR "partition: ",&Dumper(\@partitions,$functions);      if ($ENV{'VERBOSE'}) {  print STDERR "partition: ",&Dumper(\@partitions,$functions); }
73    
74      foreach $set (@partitions)      foreach $set (@partitions)
75      {      {
# Line 126  Line 135 
135              }              }
136          }          }
137      }      }
138        if ($ENV{'VERBOSE'}) { print STDERR &Dumper($set,$functions,$best_func,$best_source) }
139      return ($best_func,$best_source);      return ($best_func,$best_source);
140  }  }
141    
# Line 133  Line 143 
143      my($fig,$parms,$id,$functions) = @_;      my($fig,$parms,$id,$functions) = @_;
144    
145      my $func = $fig->function_of($id);      my $func = $fig->function_of($id);
146      if ((! &FIG::hypo($func)) && ($id =~ /^([A-Za-z]{2,4})\|/) && ($_ = $parms->{'external'}->{$1}))      if ($func && # (! &FIG::hypo($func)) &&
147            ($id =~ /^([A-Za-z]{2,4})\|/) && ($_ = $parms->{'external'}->{$1}))
148      {      {
149          push(@{$functions->{$func}},[$_,$id]);          push(@{$functions->{$func}},[$_,$id]);
150      }      }
# Line 143  Line 154 
154      my($fig,$parms,$peg,$functions) = @_;      my($fig,$parms,$peg,$functions) = @_;
155    
156      my $func = $fig->function_of($peg);      my $func = $fig->function_of($peg);
157      if (! &FIG::hypo($func))      if ($func) # (! &FIG::hypo($func))
158      {      {
159          my $value = 1;          my $value = 1;
160    

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3