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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 :     use strict;
4 :     use FIG;
5 :     my $fig = new FIG;
6 :    
7 :     my $usage = "usage: add_to_subsystems User GenomeToBeAnnotated FileOfGenomesGivingContext";
8 :    
9 :     my($genome,$contextF,$user,%proposed);
10 :     (
11 :     ($user = shift @ARGV) &&
12 :     ($genome = shift @ARGV) &&
13 :     ($contextF = shift @ARGV) && (-s $contextF)
14 :     )
15 :     || die $usage;
16 :    
17 :     $user =~ s/^master://;
18 :    
19 :     my %genomes = map { $_ =~ /^(\S+)/; $1 => 1 } `cat $contextF`;
20 :    
21 :     my($i);
22 :     foreach my $subsys (grep { $fig->usable_subsystem($_) } $fig->all_subsystems)
23 :     {
24 :     if ($fig->ok_to_auto_update_subsys($subsys))
25 :     {
26 :     my @roles = $fig->subsystem_to_roles($subsys);
27 :     my @in_genomes = map { $_->[0] } @{$fig->subsystem_genomes($subsys,1)};
28 :     my @possible = ();
29 :    
30 :     for ($i=0; ($i < @in_genomes) && ($in_genomes[$i] ne $genome); $i++) {}
31 :     if ($i == @in_genomes)
32 :     {
33 :     my $subsystem = $fig->get_subsystem($subsys);
34 :     my @genomes = grep { $genomes{$_} } @in_genomes;
35 :     if (@genomes > 0)
36 :     {
37 :     foreach my $genome1 (@in_genomes)
38 :     {
39 :     my $variant = $subsystem->get_variant_code_for_genome($genome1);
40 :     if ($variant > 0)
41 :     {
42 :     my @pegs_in_new = ();
43 :     my $missed = 0;
44 :     my $extra = 0;
45 :    
46 :     foreach my $role (@roles)
47 :     {
48 :     if (! $missed)
49 :     {
50 :     my @pegs = $fig->pegs_in_subsystem_cell($subsys,$genome1,$role);
51 :     my @pegs1 = $fig->seqs_with_role($role,'master',$genome);
52 :     push(@pegs_in_new,[@pegs1]);
53 :    
54 :     if ((@pegs1 == 0) && (@pegs > 0))
55 :     {
56 :     $missed = 1;
57 :     }
58 :     elsif ((@pegs1 > 0) && (@pegs == 0))
59 :     {
60 :     $extra++;
61 :     }
62 :     }
63 :     }
64 :    
65 :     if (! $missed)
66 :     {
67 :     push(@possible,[$genome1,[@pegs_in_new],$extra,$variant]);
68 :     }
69 :     }
70 :     }
71 :     }
72 :     }
73 :    
74 :     if (@possible > 0)
75 :     {
76 :     @possible = sort { $a->[2] <=> $b->[2] } @possible;
77 :     &add_genome_to_subsystem($fig,\@roles,$subsys,$genome,$possible[0]->[3],$possible[0]->[1]);
78 :     }
79 :     }
80 :     }
81 :    
82 :     sub add_genome_to_subsystem {
83 :     my($fig,$roles,$subsys,$genome,$variant,$peg_sets) = @_;
84 :    
85 :     my $subsystem = $fig->get_subsystem($subsys);
86 :     $subsystem->add_genome($genome);
87 :     print STDERR "add $genome to $subsys, variant=$variant\n";
88 :     my $idx = $subsystem->get_genome_index($genome);
89 :     $subsystem->set_variant_code($idx,$variant);
90 :     for (my $i=0; ($i < @$roles); $i++)
91 :     {
92 :     if (@{$peg_sets->[$i]} > 0)
93 :     {
94 :     print STDERR " ",join(",",(@{$peg_sets->[$i]})), " implement $roles->[$i]\n";
95 :     }
96 :     $subsystem->set_pegs_in_cell($genome,$roles->[$i],$peg_sets->[$i]);
97 :     }
98 :     $subsystem->write_subsystem;
99 :     }

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