[Bio] / FigKernelScripts / add_structured_english.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigKernelScripts/add_structured_english.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.1, Mon May 19 18:02:28 2008 UTC revision 1.2, Fri May 23 20:53:03 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1    
2  use CGI;  use CGI;
3  my $cgi = new CGI;  my $cgi = new CGI;
4  use FIG;  use FIG;
5    
6  my $fig = new FIG;  my $fig = new FIG;
7    
8    
9    #fig|169963.1.peg.1      NC_003210       318_1673        NP_463534.1     isu,icw(1),ff   dnaA    Chromosomal replication initiator protein dnaA  CDD:pfam00004,CDD:pfam00308,CDD:pfam01695,CDD:smart00382,GeneID:984365,InterPro:IPR001957,InterPro:IPR003593,NCBI_gi:16802049,Pfam:PF00308,SMART:Q8YAW2,SMART:SM00382,UniProtKB:Q8YAW2                  http://www.nmpdr.org/linkin.cgi?id=fig|169963.1.peg.1   MQSIED
10    
11  while (defined($_ = <STDIN>))  while (defined($_ = <STDIN>))
12  {  {
13      chop;      chop;
14      ($peg,$refseq,$seq,undef,$fixed_func,$ecs,undef,undef,undef) = split(/\t/,$_);      ($peg,$contig_refseq,$contig_refseq_coords,$refseq,$ev, $gene, $fixed_func, $dbxref, $kegg, $subsystems, $link, $figfam, $seq) = split(/\t/,$_);
15      $funcSeed = $fig->function_of($peg,undef,1);      $funcSeed = $fig->function_of($peg,undef,1);
16      my($func1,$ecs1) = &fix_func($funcSeed);      my($func1,$ecs1) = &fix_func($funcSeed);
17      if (($func1 ne $fixed_func) || ($ecs1 ne $ecs))      if (0)
18        #if (($func1 ne $fixed_func) || ($ecs1 ne $ecs))
19        #if ($func1 ne $fixed_func)
20      {      {
21          print STDERR &Dumper($fixed_func,$func1,$ecs,$ecs1);          print STDERR &Dumper($fixed_func,$func1,$ecs,$ecs1);
22          print STDERR "$_\n";          print STDERR "$_\n";
23      }      }
24      else      else
25      {      {
26          my $structured_english = &to_structured_english($fig,$peg);          my ($evcodes, $subs, $structured_english) = &to_structured_english($fig,$peg);
27          my $text = $cgi->unescape($structured_english);          my $text = $cgi->unescape($structured_english);
28          if ($structured_english)  
29          {          my $nmpdr_id_text = "nmpdr_id=$peg";
30              print join("\t",($peg,$refseq,$seq,'',$fixed_func,$ecs,$structured_english,'','')),"\n";          my $contig_refseq_text= "reference_contig_refseq=$contig_refseq";
31            my $refseq_coords_text = "reference_contig_refseq_coordinates=$contig_refseq_coords";
32            my $refseq_id_text= "reference_protein_refseq=$refseq";
33            my $evc_text= "evidence_code=$ev";
34            my $gene_symbol_text = "gene_symbol=$gene";
35            my $desc_text = "description=\"$func1\"";
36            #my $desc_text = "description=\"$fixed_func\"";
37            my $dbxref_text = "dbxref=$dbxref";
38            my $kegg_text = "kegg=$kegg";
39            my $subsystem_text = "subsystem=\"$subs\"";
40            my $nmpdr_link_text = "nmpdr_web_page=\"$link\"";
41            my $structured_eng_text= "structured_description=\`$structured_english\`";
42            my $figfam_text= "FIGfam=$figfam";
43            my $seq_text= "protein_sequence=\"$seq\"";
44    
45            if ($structured_english && $seq)
46            {
47                print join("\n",($nmpdr_id_text, $contig_refseq_text, $refseq_coords_text, $refseq_id_text, $evc_text, $gene_symbol_text, $desc_text, $dbxref_text, $subsystem_text, $nmpdr_link_text, $figfam_text, $structured_eng_text, $seq_text)), "\n//\n";
48                #print join("\n",($nmpdr_id_text, $contig_refseq_text, $refseq_coords_text, $refseq_id_text, $evc_text, $gene_symbol_text, $desc_text, $dbxref_text, $kegg_text, $subsystem_text, $nmpdr_link_text, $structured_eng_text, $seq_text)), "\n";
49                #print join("\t",($peg,$refseq,$seq,'',$fixed_func,$ecs,$structured_english,'','')),"\n";
50          }          }
51      }      }
52  }  }
# Line 49  Line 74 
74      {      {
75          &add_clustering_and_dup($pieces,$by_sub->{$sub},$sub);          &add_clustering_and_dup($pieces,$by_sub->{$sub},$sub);
76      }      }
77      return &render($pieces);      return join(",", @ev_codes), join(",", @insubs), &render($pieces);
78  }  }
79    
80  sub render {  sub render {

Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.2

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3