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Annotation of /FigKernelScripts/aclh.pl

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Revision 1.11 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 ########################################################################
2 :     # -*- perl -*-
3 :     #
4 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
5 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
6 :     #
7 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
8 :     #
9 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
10 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
11 :     # Public License.
12 :     #
13 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
14 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
15 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
16 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
17 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
18 :     #
19 :    
20 :     use Carp;
21 :     use Data::Dumper;
22 :     use strict;
23 :    
24 :     use FIG;
25 :     my $fig = new FIG;
26 :    
27 :     use AnnoClearinghouse;
28 :    
29 : olson 1.2 # usage: aclh directory contrib--dir
30 : olson 1.1
31 :     my $echo = 0;
32 :     my $time_cmds = 0;
33 :     while ((@ARGV > 0) && ($ARGV[0] =~ /^-/))
34 :     {
35 :     my $arg = shift @ARGV;
36 :     if ($arg =~ /^-time/i) { $time_cmds = 1 }
37 :     if ($arg =~ /^-echo/i) { $echo = 1 }
38 :     }
39 :    
40 :     my $default_dir;
41 : olson 1.2 my $contrib_dir;
42 :    
43 :     @ARGV == 2 or die "Usage: $0 clearinghouse-dir contrib-dir\n";
44 : olson 1.1
45 : olson 1.2 $default_dir = shift;
46 :     $contrib_dir = shift;
47 : olson 1.1
48 : olson 1.2 my $aclh = new AnnoClearinghouse($default_dir, $contrib_dir);
49 : olson 1.1
50 :     while (my $req = &get_req)
51 :     {
52 :     if ($req =~ /^\s*id\s+(\S+)/)
53 :     {
54 :     my $id = $1;
55 :     my $block = $aclh->lookup_id($id);
56 :    
57 :     if (!$block)
58 :     {
59 :     print "Nothing found for $id\n";
60 :     next;
61 :     }
62 :     for my $ent (@$block)
63 :     {
64 :     my($eid, $len) = @$ent;
65 :     my $fn = $aclh->get_assignment($eid);
66 :     my $org = $aclh->get_org($eid);
67 :     $org = "(no org)" unless $org;
68 :     print join("\t", $eid, $len, $org, $fn), "\n";
69 :     }
70 :    
71 :     }
72 :     elsif ($req =~ /^\s*pid\s+(\S+)/)
73 :     {
74 :     my $id = $1;
75 :     my $block = $aclh->expand_block($id);
76 :    
77 :     if (!$block)
78 :     {
79 :     print "Nothing found for $id\n";
80 :     next;
81 :     }
82 :     for my $ent (@$block)
83 :     {
84 :     my($eid, $len) = @$ent;
85 :     my $fn = $aclh->get_assignment($eid);
86 :     my $org = $aclh->get_org($eid);
87 :     $org = "(no org)" unless $org;
88 :     print join("\t", $eid, $len, $org, $fn), "\n";
89 :     }
90 :    
91 :     }
92 :     elsif ($req =~ /^\s*search\s+((\d+)\s+)?(.*)\s*$/)
93 :     {
94 :     my @res = $aclh->search($3, $2);
95 :    
96 :     for my $ent (@res)
97 :     {
98 :     print join("\t", @$ent), "\n";
99 :     }
100 :     }
101 :     elsif ($req =~ /^\s*seq\s+(\S+)/)
102 :     {
103 :     my $id = $1;
104 :     my $seq = $aclh->get_sequence($id);
105 :    
106 :     if (!$seq)
107 :     {
108 :     print "Nothing found for $id\n";
109 :     next;
110 :     }
111 :     &FIG::display_id_and_seq($id, \$seq, \*STDOUT);
112 :     }
113 : olson 1.2 elsif ($req =~ /^\s*purge_user\s+(\S+)/)
114 :     {
115 :     my $user = $1;
116 :     my $n = $aclh->purge_user_annotations($user);
117 :     print "Purged $n annotations by $user\n";
118 :     }
119 : olson 1.3 elsif ($req =~ /^\s*get_user\s+(\S+)/)
120 :     {
121 :     my $user = $1;
122 : olson 1.5 my @out = $aclh->get_all_user_annotations($user);
123 : olson 1.3 map { print "$_->[0]\t$_->[1]\n"; } @out;
124 :     }
125 : olson 1.1 elsif ($req =~ /^\s*dir\s+(\S+)/)
126 :     {
127 :     my $dir = $1;
128 :     if (! -d $dir)
129 :     {
130 :     print "Directory $dir does not exist\n";
131 :     next;
132 :     }
133 :     my $new_aclh = new AnnoClearinghouse($dir);
134 :     if (!$new_aclh)
135 :     {
136 :     print "Error creating clearing house object for $dir\n";
137 :     next;
138 :     }
139 :     $aclh = $new_aclh;
140 :     }
141 : olson 1.6 elsif ($req =~ /^\s*check_file\s+(\S+)/)
142 :     {
143 :     my $file = $1;
144 :    
145 :     if (!open(F, "<$file"))
146 :     {
147 :     print "Cannot open $file: $!\n";
148 :     next;
149 :     }
150 :    
151 :     while (<F>)
152 :     {
153 :     if (/^(\S+)/)
154 :     {
155 :     my $id = $1;
156 :     my $prin_id = $aclh->lookup_principal_id($1);
157 :     print "$id\t$prin_id\n";
158 :     }
159 :     }
160 :    
161 :     }
162 : olson 1.8 elsif ($req =~ /^\s*check_id\s+(\S+)/)
163 :     {
164 :     my $id = $1;
165 :    
166 :     my @list = $aclh->lookup_principal_id($1);
167 :     for my $ent (@list)
168 :     {
169 :     my($mapped, $prin) = @$ent;
170 :     print "$mapped\t$prin\n";
171 :     }
172 :     }
173 : olson 1.7 elsif ($req =~ /^\s*import\s+(\S+)\s+(\S+)/)
174 :     {
175 :     my $user = $1;
176 :     my $file = $2;
177 :    
178 :     my @bad;
179 :     my $count = $aclh->import_user_annotations($user, $file, \@bad);
180 :     print "Imported $count annotations\n";
181 :     if (@bad)
182 :     {
183 :     my $n = @bad;
184 :     print "$n ids did not map:\n";
185 :     for my $ent (@bad)
186 :     {
187 :     my($id, $line, $msg) = @$ent;
188 : olson 1.9 print "$file line $line:\t$id\t$msg\n";
189 : olson 1.7 }
190 :     }
191 :     }
192 : paarmann 1.10 elsif ($req =~ /^count contrib$/)
193 :     {
194 :     my $count = $aclh->count_contrib_annotations();
195 :     print "Total number of contributed annotations: $count\n";
196 :     }
197 :     elsif ($req =~ /^count contrib unique$/)
198 :     {
199 :     my $count = $aclh->count_contrib_unique_annotations();
200 :     print "Total number of unique annotations contributed by users: $count\n";
201 :     }
202 :     elsif ($req =~ /^\s*export contrib\s+(\S+)/)
203 :     {
204 :    
205 :     my $file = $1;
206 :     if (!open(F, ">$file")) {
207 :     print "Cannot open $file: $!\n";
208 :     next;
209 :     }
210 :    
211 : paarmann 1.11 print F $aclh->dump_contrib_annotations(1,1);
212 : paarmann 1.10 close (F);
213 :     print "Done.\n";
214 :    
215 :     }
216 : olson 1.1 elsif ($req =~ /^\s*h\s*$/ || $req =~ /^\s*help\s*$/)
217 :     {
218 :     &help;
219 :     }
220 :     else
221 :     {
222 :     print "invalid command\n";
223 :     }
224 :     print "\n";
225 :     }
226 :    
227 :     sub get_req {
228 :     my($x);
229 :    
230 :     print "?? ";
231 :     $x = <STDIN>;
232 :     while (defined($x) && ($x =~ /^h$/i) )
233 :     {
234 :     &help;
235 :     print "?? ";
236 :     $x = <STDIN>;
237 :     }
238 :    
239 :     if ((! defined($x)) || ($x =~ /^\s*[qQxX]/))
240 :     {
241 :     return "";
242 :     }
243 :     else
244 :     {
245 :     if ($echo)
246 :     {
247 :     print ">> $x\n";
248 :     }
249 :     return $x;
250 :     }
251 :     }
252 :    
253 :    
254 :     sub help {
255 :     print <<END;
256 :    
257 :     h
258 :     id identifier
259 : olson 1.2 search keyword
260 : olson 1.4 purge_user username (retrieve user annotations)
261 :     get_user username (purge user annotations)
262 : olson 1.7 check_file filename (check ids)
263 : olson 1.8 check_id id (check one ID; print list of mapped ids)
264 : paarmann 1.10 import username filename (import user annotations)
265 :     count contrib (print total count of contributed annotations)
266 :     count contrib unique (print count of contributed unique annotations)
267 :     export contrib filename (dump user contributions to filename)
268 :    
269 : olson 1.1 END
270 :     }

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