[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_merge_and_build_kmers.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/FFB2_merge_and_build_kmers.pl

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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 ########################################################################
2 :    
3 :     use strict;
4 :     use FIG;
5 :     use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Getopt::Long;
7 :    
8 :     my $usage = "usage: FFB2_merge_and_build_kmers [--override fn-override-file] NewReleaseDir ";
9 :    
10 :     my $pseed = "/vol/pseed/FIGdisk/FIG/Data";
11 :    
12 :     my $skip_otu;
13 :     my $override_file;
14 :    
15 :     my $rc = GetOptions("override=s" => \$override_file,
16 :     );
17 :    
18 :     $rc or die $usage;
19 :    
20 :     my($oldD,$newD);
21 :    
22 :     (
23 :     ($newD = shift @ARGV)
24 :     )
25 :     || die $usage;
26 :    
27 :     my $in_ssfam = shift;
28 :    
29 :     $ENV{TMPDIR} = $FIG_Config::temp;
30 :    
31 :     my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
32 :    
33 :     if (!-d "$newD/Kmers")
34 :     {
35 :     die "$newD/Kmers does not exist\n";
36 :     }
37 :    
38 :     mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
39 :    
40 :     my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
41 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
42 :     my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
43 :    
44 :     #
45 :     # create merge files and use the -merge to create_binary_kmers
46 :     #
47 :    
48 :     my %mergefile;
49 :     foreach my $i (7..12)
50 :     {
51 :     my $mf = "$newD/KmerBuild/mergefile.$i";
52 :     $mergefile{$i} = $mf;
53 :     open(MF, ">", $mf) or die "Cannot write $mf: $!";
54 :    
55 :     for my $f (sort <$newD/Kmers/kmers.2.*/$i/good.oligos.gz>)
56 :     {
57 :     print MF "$f\t1\n";
58 :     }
59 :     for my $f (sort <$newD/Kmers/kmers.3.*/$i/good.oligos.gz>)
60 :     {
61 :     print MF "$f\t3\n";
62 :     }
63 :     print MF "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos.gz\t2\n";
64 :     close(MF);
65 :     }
66 :    
67 :     foreach my $i (7..12)
68 :     {
69 :     my $mf = $mergefile{$i};
70 :     my $dir = "$newD/Merged/$i";
71 :     -d "$dir" || mkdir "$dir";
72 :     &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -l $i -s 4,2,4 -merge $mf - $dir/table.binary");
73 :     }
74 :    
75 :     system("FFB2_run_tests $newD");
76 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
77 :     $build->finish();
78 :     &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
79 :     &FIG::run("compute_fasta_lengths", "$newD/extra_prok_seqs.fasta", "$newD/extra_prok_seqs.fasta.lengths");
80 :    
81 :     $load1->finish();
82 :     $load2->finish();
83 :    
84 :     &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
85 :     &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
86 :    
87 :     &FIG::run("get_coupling_values $newD/families.2c > $newD/coupling.values");
88 :    
89 :    

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