[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_create_binary_relationships.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/FFB2_create_binary_relationships.pl

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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 use lib 'FigKernelPackages';
2 :     use CorrTableEntry;
3 :     use Correspondence;
4 :     use strict;
5 :     use SeedEnv;
6 :    
7 :     $ENV{SAS_SERVER} = 'PSEED';
8 :    
9 :     my $sap = SAPserver->new();
10 :    
11 :     my @genomes;
12 :     while (<>)
13 :     {
14 :     if (/(\d+\.\d+)/)
15 :     {
16 :     push(@genomes, $1);
17 :     }
18 :     }
19 :    
20 :     for my $i (0..$#genomes)
21 :     {
22 :     my $genome1 = $genomes[$i];
23 :    
24 :     for my $j ($i + 1..$#genomes)
25 :     {
26 :     my $genome2 = $genomes[$j];
27 :    
28 :     my $corr = $sap->gene_correspondence_map(-genome1 => $genome1,
29 :     -genome2 => $genome2,
30 :     -fullOutput => 1);
31 :    
32 :     for my $tuple (@$corr)
33 :     {
34 :     bless $tuple, 'CorrTableEntry';
35 :     if (Correspondence::entry_meets_criteria($sap, $tuple,
36 :     -bbhRequired => 1,
37 :     -minCoverage1 => 0.7,
38 :     -minCoverage2 => 0.7,
39 :     -contextSize => 5,
40 :     ))
41 :     {
42 :     print $tuple->id1, "\t", $tuple->id2, "\n";
43 :     }
44 :     }
45 :     }
46 :     }

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