[Bio] / FigKernelScripts / FFB2_build_updated_FF.pl Repository:
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Annotation of /FigKernelScripts/FFB2_build_updated_FF.pl

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Revision 1.23 - (view) (download) (as text)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :    
3 : olson 1.8 use strict;
4 : overbeek 1.1 use FIG;
5 : olson 1.8 use IPC::Run qw(start finish);
6 :     use Cache::Memcached::Fast;
7 : olson 1.12 use Getopt::Long;
8 : overbeek 1.1
9 : olson 1.20 my $usage = "usage: FFB2_build_updated_FF [--no-reload-memcache] [--override fn-override-file] [--skipotu] OldReleaseDir NewReleaseDir memcache-host memcache-port [ssfam]";
10 :    
11 :     my $pseed = "/vol/pseed/FIGdisk/FIG/Data";
12 : olson 1.12
13 :     my $skip_otu;
14 : olson 1.18 my $override_file;
15 : olson 1.20 my $no_reload_memcache = 0;
16 : olson 1.12
17 : olson 1.18 my $rc = GetOptions("skipotu" => \$skip_otu,
18 : olson 1.20 "override=s" => \$override_file,
19 :     "no-reload-memcache" => \$no_reload_memcache);
20 : olson 1.12
21 :     $rc or die $usage;
22 : overbeek 1.1
23 : olson 1.8 my($oldD,$newD,$mchost, $mcport);
24 : overbeek 1.1
25 :     (
26 :     ($oldD = shift @ARGV) && (-d $oldD) &&
27 : olson 1.8 ($newD = shift @ARGV) &&
28 :     ($mchost = shift @ARGV) &&
29 :     ($mcport = shift @ARGV)
30 : overbeek 1.1 )
31 :     || die $usage;
32 :    
33 : olson 1.8 my $in_ssfam = shift;
34 :    
35 : olson 1.11 $ENV{TMPDIR} = $FIG_Config::temp;
36 :    
37 : olson 1.3 my $sort_args = "-T $FIG_Config::temp -S 4G";
38 :    
39 : olson 1.19 if (-d $newD)
40 :     {
41 :     if (-f "$newD/families.2c")
42 :     {
43 :     die "Not overwriting existing families in $newD\n";
44 :     }
45 :     }
46 :     else
47 :     {
48 :     mkdir($newD,0777) || die "Error creating $newD: $!";
49 :     }
50 : olson 1.7
51 : olson 1.23 -d "$newD/Kmers" || mkdir("$newD/Kmers",0777) || die "could not make $newD/Kmers: $!";
52 :    
53 : olson 1.8 my $mc = new Cache::Memcached::Fast({ servers => ["$mchost:$mcport"] } );
54 :     $mc or die "Could not connect to memcached at $mchost:$mcport\n";
55 :    
56 :     #
57 :     # Do some work up front to ensure we can load the memcache with all the data we need.
58 :     #
59 :    
60 :     my $ssfam;
61 :     if (-f $in_ssfam)
62 :     {
63 :     $ssfam = $in_ssfam;
64 :     }
65 :     else
66 :     {
67 :     $ssfam = "$FIG_Config::temp/subsys.based.families.$$";
68 :     &FIG::run("FFB2_make_subsys_based_families > $ssfam");
69 :     }
70 :    
71 : olson 1.20 if (!$no_reload_memcache)
72 :     {
73 :     $mc->flush_all();
74 :    
75 :     print "Loading memcache\n";
76 :     &FIG::run("FFB2_load_memcache --seed $pseed $ssfam $oldD/families.2c $mchost $mcport");
77 :     print "Done\n";
78 :     }
79 : olson 1.8
80 : olson 1.13 my $parallel = !$skip_otu;
81 : olson 1.7 my $child_pid;
82 :     if ($parallel)
83 :     {
84 :     #
85 :     # Run the FF update in a child process while we manage getting the phylo oligos here.
86 :     #
87 :    
88 :     $child_pid = fork;
89 :    
90 :     if ($child_pid == 0)
91 :     {
92 :     figfam_processing();
93 :     exit;
94 :     }
95 :     }
96 :     else
97 :     {
98 :     figfam_processing();
99 :     }
100 : overbeek 1.1
101 : olson 1.13 if ($skip_otu)
102 : olson 1.12 {
103 :     #
104 :     # Create empty kmer files in PhyloSigs.
105 :     #
106 : olson 1.8
107 : olson 1.14 my $dir = "$newD/PhyloSigs";
108 :     if (! -d $dir)
109 :     {
110 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
111 :     }
112 : olson 1.12 for my $k (7..12)
113 :     {
114 :     my $dir = "$newD/PhyloSigs/$k";
115 :     if (! -d $dir)
116 :     {
117 :     mkdir $dir or die "Could not mkdir $dir: $!";
118 :     }
119 :     open(TT, ">", "$dir/good.oligos");
120 :     close(TT);
121 :     }
122 :     }
123 :     else
124 : olson 1.8 {
125 : olson 1.12 #
126 :     # Run the new parallel get-prots
127 :     #
128 :     my $n_get_prots = 4;
129 :    
130 :     my @handles;
131 :     for my $i (0..$n_get_prots - 1)
132 :     {
133 :     my $outfile = "$FIG_Config::temp/ffb2_xx.$$.$i";
134 :    
135 : olson 1.17 my $h = start(['FFB2_xx', 12, "$newD/setI", $n_get_prots, $i, $mchost, $mcport],
136 : olson 1.12 "<", "/dev/null", ">", $outfile);
137 :     push(@handles, [$i, $h, $outfile]);
138 :     }
139 :     for my $e (@handles)
140 :     {
141 :     my($i, $h, $file) = @$e;
142 :     print "Wait for finish $i $file\n";
143 :     $h->finish();
144 :     }
145 :    
146 :     my @files = map { $_->[2] } @handles;
147 :     print STDERR "Merging phylo @files\n";
148 : olson 1.18
149 :     #
150 :     # The Debian sort on the mac pro's does bad things with
151 :     # large merges. Use the latest one there, built in a local dir.
152 :     my @sort;
153 :     if (-x "/scratch/olson/coreutils/bin/sort")
154 :     {
155 :     my $n = @files;
156 :     $n++;
157 :     @sort = ("/scratch/olson/coreutils/bin/sort", "--batch-size=$n", "-m", @files);
158 :     }
159 :     else
160 :     {
161 :     @sort = ("sort", "-S", "2G", "-m", @files);
162 :     }
163 :    
164 :    
165 :     &FIG::run("@sort | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs 7-12");
166 : olson 1.8
167 : olson 1.12 #&FIG::run("FFB2_get_prots $newD/ProtsByGenomeSet $newD/setI");
168 :     #&FIG::run("FFB2_get_prot_gs_oligos $newD/ProtsByGenomeSet 12 | sort $sort_args | FFB2_usable_motifs $newD/PhyloSigs");
169 : olson 1.8 }
170 :    
171 : olson 1.7 if ($parallel)
172 :     {
173 :     my $rc = waitpid($child_pid, 0);
174 :     if ($? != 0)
175 :     {
176 :     die "Error running parallel child: $?\n";
177 :     }
178 :     }
179 :    
180 : olson 1.18 die "We're at the merge\n";
181 : olson 1.7
182 : overbeek 1.1 mkdir("$newD/Merged",0777) || die "could not make $newD/Merged: $!";
183 : olson 1.8
184 :     my @merge_handles;
185 :    
186 : overbeek 1.1 foreach my $i (7..12)
187 :     {
188 :     mkdir("$newD/Merged/$i",0777) || die "could not make $newD/Merged/$i: $!";
189 : olson 1.10 my $h = start(["FFB2_merge_oligos", "$newD/Kmers/$i/good.oligos", "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos"], "|",
190 : olson 1.8 ["FFB2_create_binary_kmers", "-l", $i, "-s", "4,2", "-", "$newD/Merged/$i/table.binary"]);
191 :    
192 :     push(@merge_handles, [$h, $i]);
193 :    
194 :     # &FIG::run("FFB2_merge_oligos $newD/Kmers/$i/good.oligos $newD/PhyloSigs/$i/good.oligos > $newD/Merged/$i/merged.oligos");
195 : overbeek 1.1 }
196 :    
197 : olson 1.8 for my $ent (@merge_handles)
198 : olson 1.2 {
199 : olson 1.8 my($h, $k) = @$ent;
200 :     print "Wait for finish for k=$k\n";
201 :     my $r = $h->finish();
202 :     print "done r=$r\n";
203 : olson 1.2 }
204 : olson 1.5
205 : olson 1.8 my $load1 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/function.index", "$newD/FRI.db"]);
206 :     my $load2 = start(["FFB2_load_oligo_index", "$newD/setI", "$newD/setI.db"]);
207 : olson 1.10 my $build = start(["build_prok_nonff_fasta", "$newD"], ">", "$newD/extra_prok_seqs.fasta");
208 : olson 1.8
209 : olson 1.21 #
210 :     # create merge files and use the -merge to create_binary_kmers
211 :     #
212 : olson 1.8
213 : olson 1.21 my %mergefile;
214 :     foreach my $i (7..12)
215 :     {
216 :     my $mf = "$newD/KmerBuild/mergefile.$i";
217 :     $mergefile{$i} = $mf;
218 :     open(MF, ">", $mf) or die "Cannot write $mf: $!";
219 :    
220 :     for my $f (sort <$newD/Kmers/kmers.2.*/$i/good.oligos.gz>)
221 :     {
222 :     print MF "$f\t1\n";
223 :     }
224 :     for my $f (sort <$newD/Kmers/kmers.3.*/$i/good.oligos.gz>)
225 :     {
226 :     print MF "$f\t3\n";
227 :     }
228 :     print MF "$newD/PhyloSigs/$i/good.oligos.gz\t2\n";
229 :     close(MF);
230 :     }
231 :    
232 :     foreach my $i (7..12)
233 :     {
234 :     my $mf = $mergefile{$i};
235 :     &FIG::run("FFB2_create_binary_kmers -l $i -s 4,2,4 -merge $mf - $newD/Merged/$i/table.binary");
236 :     }
237 : olson 1.8
238 : olson 1.7 system("FFB2_run_tests $newD");
239 :     system("FFB2_compare_tests $oldD $newD");
240 : olson 1.8 $build->finish();
241 : overbeek 1.4 &FIG::run("formatdb -p T -i $newD/extra_prok_seqs.fasta");
242 : olson 1.16 &FIG::run("compute_fasta_lengths", "$newD/extra_prok_seqs.fasta", "$newD/extra_prok_seqs.fasta.lengths");
243 : overbeek 1.6
244 : olson 1.8 $load1->finish();
245 :     $load2->finish();
246 :    
247 : overbeek 1.6 &FIG::run("FFB2_make_FF_index $newD $newD/fam.func.index $newD/FamFuncBlastD");
248 : olson 1.7 &FIG::run("FFB2_build_ff_indexes $newD");
249 :    
250 : olson 1.15 &FIG::run("get_coupling_values $newD/families.2c > $newD/coupling.values");
251 :    
252 : olson 1.7 sub figfam_processing
253 :     {
254 : olson 1.18 my $override_arg = "";
255 :     if (defined($override_file))
256 :     {
257 :     $override_arg = "--override $override_file";
258 :     }
259 : olson 1.22 &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -memcache $mchost:$mcport -ssfams $ssfam $override_arg $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD > $newD.update.$$.out 2> $newD.update.$$.err");
260 : olson 1.18 &FIG::run("FFB2_get_oligos2 $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $newD/KmerBuild $mchost $mcport");
261 :    
262 : olson 1.21 &FIG::run("FFB2_xy $newD/KmerBuild $newD/Kmers 7-12");
263 :    
264 : olson 1.18 # &FIG::run("FFB2_update_FIGfams -f $ssfam $newD/families.2c $newD/family.functions $oldD");
265 :     # &FIG::run("FFB2_get_oligos $newD/families.2c $newD/family.functions $newD/function.index $mchost $mcport |" .
266 :     # "FFB2_usable_motifs $newD/Kmers");
267 :    
268 : olson 1.7 }
269 :    
270 :    

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